Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO.
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Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendra que hacer equipo.
Phantom Bullet transcurre un año después de completarse SAO, cuando Kirito recibe una llamada del investigador Seijirou Kikuoka para hablar de un extraño caso relacionado con el juego Gun Gale Online. Un misterioso jugador llamado Death Gun es capaz de matar a personajes en el juego y, a su vez, matar a quienes los controlan en el mundo real. Kirito entrará en el juego para investigar cómo es eso posible y allí conocerá a Sinon, que será su guía en este nuevo mundo.
En un continente gobernado por un caos que trae el desastre, los grandes señores tienen el poder del “Emblema”, un sello sagrado que puede apaciguar el caos y proteger a su pueblo. Sin embargo, antes de que nadie se de cuenta, los gobernantes abandonan su misión de purificar el caos para empezar a luchar entre ellos con el objetivo de hacerse con los demás Emblemas. Nuestra protagonista es Siluca, una maga que se burla de los gobernantes por abandonar su misión, y un caballero errante llamado Theo, que viaja para entrenarse y liberar de la tiranía a su pueblo. Siluca y Theo realizan un pacto por el que deben viajar juntos para reformar el continente.
Yuzu es una gal que se transfiere a una nueva escuela cuando su madre se casa de nuevo. Su primer objetivo es encontrar un nuevo novio, pero la escuela a la que la transfieren es una escuela femenina, lo que echa por tierra sus planes. En su primer día conoce a la presidenta del consejo de estudiantes, Mei, de la peor forma posible. Mei es una clásica belleza japonesa de cabello largo, negro y sedoso, pero también tiene un carácter muy duro. Todo se complica cuando Yuzu descubre que Mei será su nueva hermanastra. Pero así como los polos opuestos se repelen, también se atraen.
Para salvar a su hermano y sobrino, los cuales han sido raptados por un misterioso grupo religioso conocido como Genuine Love Society, Juri y su familia invocan un hechizo usando una piedra escondida por su abuelo para entrar en el mundo conocido como Statis, en el cual no pasa el tiempo.
Sin embargo, cuando se infiltran en la base de los captores, se encuentran con otra gente que puede moverse libremente en este mundo. Con criaturas grotescas acechando en cada esquina, ¿podrán salir de este mundo paralelo y regresar a sus vidas normales?
