La historia se centra en Lucy, una declonius (una mutación del ser humano creada por los hombres, que se caracteriza por tener dos pequeños cuernos en la cabeza y dos brazos invisibles de dos metros) que consigue escapar del centro de investigación donde la tenían retenida junto a otros declonius para estudiarla, en la huida es alcanzada por un francotirador que la destruye el casco que protegía su cabeza dejándola inconsciente. Lucy es arrastrada por las olas hasta una playa donde es encontrada por Kouta y Yuca que la llevan a un viejo restaurante. Debido al disparo del francotirador Lucy ha perdido la memoria por completo y pasa de ser una sádica asesina a una inocente chica que solo sabe decir Nyu, por lo que Kouta y Yuca deciden llamarla así. Con el paso del tiempo Lucy irá recordando cosas del pasado.

Érase una vez un pescador que se enamoró a primera vista de una ninfa, cogió su velo y no le permitió regresar al Cielo. Al casarse con ella, sus descendientes consiguieron excelentes poderes mágicos. Ayashi no Ceres cuenta la historia de Aya Mikage y su hermano mellizo Aki. Cuando cumplen 16 años, Aki y Aya van a casa de su abuelo para celebrar el cumpleaños junto con el resto de la familia. En realidad, lo que quiere su familia es ver a Aya para comprobar si esta es la reencarnación de una diosa llamada Ceres, quien regresa reencarnándose en miembros de la familia (generalmente en las mujeres) para vengarse de la familia Mikage, puesto que Aki es la reencarnación de aquel hombre que le robó el velo sin el cual se vio forzada a casarse y a tener hijos.

Jin Kanzaki, un extraño chico con una marca de ángel en su mano. Vive una vida pobre pero tranquila a lado de su abuelo, junto con otros indigentes cerca de un río. Un día, su vida pacífica cambia cuando un extraño monstruo denominado "Player" aparece, cortando cabezas y matando a cualquiera que se cruce en frente de él.

En este anime, el director Shinichiro Watanabe nos narra las aventuras de Spike, Faye, Jet Black, Ed y Ein... Un grupo muy peculiar de caza-recompensas que viaja a través del sistema solar en la nave Bebop. Balas, emoción y diversión se encuentran en cada una de sus sesiones autoconclusivas, las cuales los llevarán a enfrentar a un gran adversario y viejo amigo de Spike.