La historia toma lugar en un mundo donde los humanos se encuentran en una guerra contra un enemigo al que llaman UNKNOWN, y se centra en unos jóvenes que, cuando los UNKOWN comenzaron su invasión, fueron criogenizados por su protección. Cuando estos despertaron, descubrieron que habían adquirido poderes sobrenaturales, y ahora se dedican a defender los últimos bastiones del país , las ciudades de Tokyo, Kanagawa, y Chiba, luchando en batallas contra los UNKNOWN, que aparecen a través de la Tokyo Bay Gate.

El juego original tiene por protagonista a Nana Sakurai, una chica que desarrolla interés por un deporte llamado “Stride”, el cual consiste en enfrentar a equipos de seis personas corriendo a través del pueblo. Nana se interesa por el deporte al ver un encuentro en el que participa el Instituto Hounan, con lo que decide asistir a dicho instituto para unirse al equipo de Stride. Allí Nana conocerá a un grupo de chicos enamorados de dicho deporte. Mientras Nana aprende a ser la “Relationer” del equipo, la líder, tendrá que trabajar junto a sus compañeros para cumplir su objetivo: Ganar el torneo “End of Summer” de Japón.

La historia se desarrolla en Shizume, una ciudad muy avanzada tecnológicamente. Allí, Yashiro Isana, un muchacho que es simpático con todo el mundo, vive apaciblemente hasta que un importante miembro de la banda HOMRA es asesinado. El problema es que Yashiro se parece muchísimo al único sospechoso de este asesinato, por lo que deberá escapar de los seguidores de HOMRA que buscan venganza.

La historia gira en torno a Chise Hatori, una chica que ha vivido abandonada y ha sufrido abusos toda su vida, alejada de cualquier tipo de amor. Lejos de conocer la calidez de una familia, no ha hecho más que tener problemas y dificultadas. Pero justo cuando parece que ha perdido toda la esperanza, tiene un encuentro destinado. Cuando un hombre con cabeza de bestia y poderes extraños la compra como esclava, la vida de Chise cambiará para siempre. Este hombre es un 'mago', un hechicero de gran poder que decide liberar a Chise de las ataduras del cautiverio con una condición: la chica se convertirá en su aprendiz... y en su esposa.

Hinako Nakayama es una chica huérfana que un día se reúne con su hermano gemelo, Hikaru, quien le pide que ella lo sustituya en la Academia Shishiku haciéndose pasar por él. Hikaru es hijo de una poderosa familia de Yakuza, los Onigashima, y como tal, se espera que sea un hombre duro y se convierta en el líder de los beligerantes alumnos de la Academia Shishiku. Hinako tendrá que ocultar su verdadera identidad, fingir ser su hermano y pelear para llegar a lo más alto de la pirámide de poder de la Academia.

OVAs incluidas en el décimo y undécimo volumen del manga.

Después de vencer a sus rivales destinados, Aoba Johsai, Karasuno finalmente avanza a la siguiente etapa, el partido que decidirá qué equipo representará a la prefectura de Miyagi en el torneo de primavera. ¿Sus oponentes? El equipo más fuerte de la prefectura, la academia Shiratorizawa . La lucha para derrotar a los campeones 'finales' y tener en sus manos el único boleto al torneo nacional ¡está a punto de comenzar!

Yuri Katsuki es un patinador artístico que, asumiendo las expectativas de todo Japón, experimentó una derrota aplastante en la final de Gran Prix. Con esto, él vuelve a su ciudad natal en Kyushu. Medio queriendo continuar con el patinaje y medio queriendo retirarse, Yuri se ha refugiado en la casa de su familia. Es entonces cuando Víctor Nikiforov, el campeón mundial en cinco ocasiones, se le acerca de repente ... Yuri Katsuki, un patinador japonés en el borde. Yuri Plisetsky, un joven patinador ruso que domina a sus competidores de alto nivel. Estos dos Yuris, junto con el actual campeón Víctor Nikiforov, ¡están a punto de entrar en un incomparable Gran Prix de patinaje artístico!

Invertia, la catástrife astral que aniquiló muchas ciudades en el siglo XX, supuso también el nacimiento de una nueva raza de humanos con habilidades especiales: los Genestella. Al mismo tiempo, se encontró un elemento especial en el interior del meteoro, "maná", que ayudó a que la humanidad diera un salto tecnológico. En Rikka, la ciudad académica sobre el agua, el "Asterisk" como muchos la llaman, estudiantes de seis escuelas se preparan para un torneo que se celebra anualmente y que enfrenta a los mejores estudiantes. Ayato Amagiri, de la Academia Seidoukan, se enfrentará al reto acompañado de Julis, la Bruja de las Llamas Resplandecientes.

Comúnmente conocido como el “Calabozo”, la ciudad de Orario posee bajo tierra un enorme laberinto. Su extraño nombre provoca emoción, ilusiones de honor, y esperanzas de un romance con una bella chica. En esta ciudad de sueños y deseos, el aventurero Bell Cranel tiene su predestinado encuentro con la pequeña diosa Hestia. Así comienza la historia de un chico dando todo para ser el mejor aventurero y de una solitaria diosa buscando seguidores, ambos esperando lograr sus metas y tal vez, tener un pequeño romance.