Occultic;Nine se centra más, como su propio nombre indica, en el mundo de lo oculto y lo paranormal, contándonos las historias de nueve personas a lo largo y ancho del mundo que experimentan este tipo de sucesos.
En el año 1600, la decisiva batalla de Sekigahara se llevó a cabo. En la prefectura de Satsuma, el comandante de la familia militar Shimazu, Toyohisa Shimazu, logró escapar de las garras de la muerte después de retirarse del campo de batalla y perderse por las montañas. En medio del aguacero, termina metiéndose en un cuarto que era como una especie de pasillo infinito con muchas puertas. En este lugar, Toyohisa es lanzado por una de las puertas sin antes poder preguntarle nada al hombre misterioso, Murasaki. Ahora está en un mundo regido por el reinado Orte. Este es un mundo donde los humanos viven junto a los demi-humanos. Junto a los héroes de guerra Nobunaga Oda y Yoichi Nasu que han llegado de igual forma pero de otros tiempos, Toyohisa deberá aplicar su habilidad de samurai para enfrentar el campo de batalla de este nuevo mundo.
La historia gira en torno a Lux, el ya-no-príncipe de un imperio llamado Arcadia que fue derrocado por una rebelión cinco años antes. Accidentalmente Lux se mete en la zona de baños de un dormitorio femenino, ve a la nueva princesa del imperio desnuda, y desata su ira. La muchacha, llamada Lisesharte, reta a Lux a un duelo con Drag-Ride, unas antiguas armas mecánicas blindadas que se han rescatado desde las ruinas de lugares de todo el mundo. Lux solía ser conocido como el Drag-Knight más fuerte, aunque ahora es el “invicto más débil” porque nunca atacaría en la batalla. Después del duelo con Lisesharte, Lux termina asistiendo a una academia femenina que entrena a miembros de la realeza para ser Drag-Knights.
La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes. Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿se quedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán ir al hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la Academia Mihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.
La serie está ambientada en un mundo en que las “Bestias” han llevado a los seres humanos a la extinción. El deber de luchar contra las Bestias está en manos de las “Hadas”, que están destinadas a usar su poder para empuñar “Espadas Sagradas” llamadas “Kariyon” y, con el tiempo, encontrar la muerte. Un único ser humano, llamado Willem, despierta después de varios cientos de años, y continúa la batalla contra las Bestias. La serie cuenta la vida diaria y las efímeras vidas del líder Willem y las hadas guerreras.
Un mundo en el que muchas islas flotan en los cielos es el hogar de un muchacho llamado Gran y de un lagarto alado parlante llamado Vyrn. Ambos viven en Zinkenstill, una isla repleta de misterios, donde un día se encuentran con una chica llamada Lyria. Lyria ha escapado del Imperio Erste, una potencia militar que intentar dominar el mundo usando su superioridad militar sin parangón. Para poder escapar del Imperio, Gran y Lyria se aventurarán por los infinitos cielos de su mundo y buscarán al padre de Gran gracias a una carta que esté le dejó: "Te estaré esperando en Estalucia, la Isla de las Estrellas".
El rey demonio llamado Sadao está a un paso de conquistar su mundo alternativo cuando se transporta al Tokyo de nuestro mundo. Él termina trabajando a tiempo parcial en un restaurante de comida rápida a fin de mes. Con el fin de conquistar Japón, tiene que dar el primer paso y pasar de un empleado temporal a un empleado completo. Mientras tanto, la heroína Emilia llegó a Japón también, en persecución de Sadao.
La historia toma lugar en la ciudad ficticia de Kazamatsuri, que tiene la peculiaridad de estar sobre-poblada por vegetación, dándole un aspecto de zona rural. Tennouji Kotarou vive en este lugar, quien tiene la habilidad de “re-escribir” su propio cuerpo, logrando así poder escoger su fuerza o velocidad a placer. Él con la ayuda de 5 compañeras de su escuela investiga misterios sobrenaturales.
La Humanidad perdió dos terceras partes de su población debido a un desastre natural: el hielo del continente Antártico se derritió y apareció la Atlántida, la civilización desaparecida hace 12.000 años. Debido a esto, revivieron los Ángeles Caídos, una raza de seres alados que envían unas armas biomecánicas conocidas como Bestias Míticas a las ciudades para capturar a la gente y extraer la energía biológica Prana. Los humanos excavaban en las profundidades del océano para encontrar las Máquinas Vectoriales (Vectores), unas armas que se decía que eran capaces de vencer a los Ángeles Caídos. Estas máquinas se combinan y forman el Ángel Aquarion Mecánico. Para pilotar el Aquarion hace falta una persona con la habilidad Elemento compatible con el sistema; por eso se reunió a adolescentes candidatos a ser pilotos. Por fin, llegó el día en el que el Ángel Aquarion Mecánico apareció.
La historia está protagonizada por un guapo calígrafo de 23 años llamado Seishu Handa que se muda a las remotas Islas Goto en la costa del oeste de Kyushu. Seishu ha vivido toda su vida en la ciudad, y el manga cuenta las interacciones de Seishu con la gente de la isla, los cuales van con tractores por la calle y que entran a su casa por cualquier parte menos por la puerta cuando van a visitarle. Además, la casa de Seishu acaba siendo un punto de reunión para los niños de la isla.
Yuji es un estudiante de secundaria al que se la diagnosticado un virus incurable. Decide someterse a un prolongado sueño artificial con la esperanza de que la tecnología médica sea capaz de tratar su enfermedad en un futuro. Año 2013: Yuji se despierta en su cámara de sueño. La Tierra está dominada por los "Blue", una raza de criaturas gigantes que son capaces de comer cualquier cosa, incluso a los humanos. La Humanidad ha sido exiliada al espacio y trata de recuperar su planeta con los avanzados "armour shrikes"; unos vehículos de combate humanoides capaces de destruir a los Blues. Yuji está en medio de una guerra que no comprende, una lucha por la supervivencia de la raza humana en la que él jugará un papel muy importante.
A pesar de que la civilización está muerta, Chito y Yuuri siguen vivas, así que se suben a bordo de su querida moto Kettenkrad y vagan sin rumbo en las ruinas del mundo que un día conocieron. Días tras desesperados días, buscan comida y combustible para seguir con su viaje. Pero mientras las dos estén juntas, incluso una existencia tan sombría como la suya puede arrojar un rayo de luz, ya sea que estén bebiendo una sopa o buscando partes mecánicas para realizar reparaciones. Dos chicas en un mundo lleno de nada, las experiencias y sentimientos que comparten les dan un motivo para vivir…