La historia nos traslada a un mundo en el que la humanidad estuvo a punto de ser exterminada cientos de años atrás por los gigantes. Los gigantes son enormes, parecen no ser inteligentes y devoran seres humanos. Lo peor es que parece que lo hacen por placer y no por alimentarse. Una pequeña parte de la humanidad ha conseguido sobrevivir protegiéndose en una ciudad con unos altísimos muros, más altos que el mayor de los gigantes. La ciudad vive su vida tranquila, y hace más de 100 años que ningún gigante aparece por allí. Eren y su hermana adoptiva Mikasa son todavía unos adolescentes cuando ven algo horroroso: un gigante mucho mayor que todos los que la humanidad había conocido hasta el momento está destruyendo los muros de la ciudad. No pasa mucho tiempo hasta que los gigantes entran por el hueco abierto en el muro y comienzan a devorar a la gente.
La historia sigue a un muchacho de instituto llamado Akihito Kanbara que aunque parece normal, es un medio yomu, lo que le hace invulnerable a las heridas debido a que se cura muy rápido. Un día Akihito conoce a una novata llamada Mirai Kuriyama cuando esta parece que está a punto de saltar de la azotea del instituto. Mirai se siente sola por su habilidad para manipular la sangre, algo único incluso entre aquellos con poderes sobrenaturales. Tras impedir Akihito que Mirai salte, comienzan a ocurrir extraños eventos.
En el año 2075 la humanidad ha alcanzado un punto donde viajar entre la Tierra, la Luna y las estaciones espaciales en parte de la vida diaria. Sin embargo, el progreso de la tecnología en el espacio ha resultado también un problema con los residuos espaciales, que pueden causar grandes daños a las naves y a los equipos. Esta es la historia de la Sección de Recogida de Residuos de Technora, su especialista en trabajos EVA (Extra Vehicular Activity), Hachirota “Hachimaki” Hocino, y la recién llegada al grupo, Ai Tanabe.
Una solitaria nave, el Sidonia, baja por el espacio después de que se viera obligado hace 10 siglos abandonar el sistema solar. Las múltiples formas, casi indestructibles, pero apenas conscientes de vida alienígena que destruyeron mundo originario de la humanidad siguen siendo una amenaza existencial para estos. La humanidad ahora sobrevive a bordo de naves espaciales creadas a partir de los restos del planeta. Para defenderse de los Gaunas han creado las unidades mecanizadas denominadas Guardians. Toda aquella persona apta para la guerra es instruida en el manejo de estos mechas.
Nagate Tanikaze solo conoce el mundo encerrado en las entrañas de la nave en la que ha vivido toda su vida, un espacio donde los humanos han alcanzado reproducir la fotosíntesis y crear nuevos géneros de plantas. Como nunca había conocido a nadie, se ejercita en un antiguo simulador de pilotaje de Guardian todos los días, con el tiempo consigue dominarlo. Más tarde se verá a aventura a salir de su mundo para ser probador de un nuevo simulador con la esperanza de defender Sidonia del ataque de los Gaunas utilizando sus habilidades de combate increíbles.
Este anime será un Spin-off protagonizado por Kyosuke Hyobu. En el manga original de Zettai Karen Children de Takashi Shiina así como en sus adaptaciones animadas, Hyobu es el líder de P.A.N.D.O.R.A. y busca a gente con poderes como él para acabar con los ?normales?.
La historia gira en torno a Haruka Nanase, un muchacho al que siempre le ha gustado estár en el agua y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a sus compañeros del club de natación: Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras conseguir la victoria, cada uno de los chicos siguió su propio camino. El tiempo ha pasado, y en mitad del instituto, Rin aparece y reta a Haruka a una carrera, demostrando a este lo bueno que es. Haruka no quiere que eso acabe así, así que reúne de nuevo a Makoto y a Nagisa, así como a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki, para formar el club de natación del Instituto Iwatobi. Haruka, Makoto Nagisa, Rei y Rin vivirán juntos una historia de natación, juventud y amistad.
