La historia comienza en una ciudad llamada Romdo en la cual habitan humanos y unos robots denominados ?Autoraves?, pero luego ocurren una serie de asesinatos causados por Autoraves infectados con un virus denominado ?Cogito?, el cual dota de emociones a los robots. ?Vincent? un inmigrante encargado de eliminar autoraves infectados se ve involucrado con uno llamado ?PINO? la cual es acusada de causar la infección en la ciudad. Mediante las investigaciones ?Lil Mayer? llega a Vincent del cual se desconoce su pasado, mientras tanto Vincent y pino son expulsados de romdo , Lil comienza a dudar sobre las leyes de la ciudad y decide ir a buscarlo lo que la lleva a comenzar un viaje lleno de secretos y situaciones inesperadas junto a Vincent y pino por el mundo en busca del pasado de Vincent, donde descubrirán a un mundo debastado pero con vida y a unos humanoides denominados Proxys que pueden ser la salvación del mundo.
En un futuro no demasiado lejano, en Japón serán de uso común los robots androides. Las leyes por las que rigen sus acciones son absolutas. ¿Pero que pasa si los androides sin romper sus leyes comienzan a humanizarse (comportarse como humanos)?, al mismo tiempo hay una tendencia a que los humanos se encariñen especialmente con sus androides o directamente los odien. Rikuo y su amigo Masaki se ven envueltos en estas disyuntivas cuando descubren el café: Eve no Jikan.
La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.
La serie tiene lugar en el Japón del año 2029, tras el alza de este país como imperio económico debido al "milagro japonés" (reciclaje de residuos nucleares). La historia gira en torno a la organización de fuerzas especiales Sección 9, y en particular en torno a su segunda de abordo tras Daisuke Aramaki, la Mayor Motoko Kusanagi.
Kojiro Shindo. Oficina del Gabinete del Director General de Planificación de Políticas, se encuentra en el aeropuerto de Haneda para un viaje de negocios. Mientras el avión está en la pista, una estructura gigante aparece de repente de la nada.
El avión que transportaba a 251 pasajeros y a Shindo acaban dentro de la misteriosa estructura gigante. Después de que todos desembarcaran del avión, un hombre que se parece a un ser humano común se presenta ante ellos. Asegura a los pasajeros del avión que no deben temer ningún peligro. Shindo le pide que se identifique y que explique la situación. A continuación, se muestra el exterior de la estructura en una pantalla grande, y al mismo tiempo, el teléfono móvil de todos los pasajeros empieza a sonar a la vez. En la pantalla de cada teléfono se muestra un mensaje de este misterioso hombre: “Yo, Yaha-kui zaShunina, le informamo que voy a intervenir en los asuntos internos de Japón.” ¿Cuál es la meta de este joven? Shindo pasará a convertirse en un intermediario entre Japón y los Anisotorons …
La historia está centrada en los “Chronos Rulers”, aquellos que luchan contra los demonios devoradores de tiempo que aparecen cuando la gente desea poder volver al pasado. Los Chronos Rulers luchan contra estos demonios en batallas de manipulación del tiempo.
La historia gira en torno a Hiraga Josef Kou, un genio científico, y Robert Nicholas, experto en criptoanálisis y archivos. Ambos trabajan juntos y son conocidos como los “investigadores de milagros” del Vaticano, viajando por todo el mundo para investigar la autenticidad de los supuestos milagros que ocurren.
