Hace treinta años un extraño fenómeno llamado “Terremoto espacial” devastó el centro de Eurasia, llevándose consigo la vida de al menos 150 millones de personas. Desde entonces, pequeños terremotos espaciales se han ido manifestando alrededor del mundo. Shido Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente normal se encuentra con una chica en el epicentro de un terremoto espacial y es informado por su hermana Kotori que esta chica es uno de los espíritus que causan los terremotos espaciales cuando estos aparecen en el mundo. También se entera que su hermana es la capitana de la nave Ratatoskr y quien lo recluta para hacer uso de su misteriosa habilidad para sellar los poderes de los espíritus y evitar que se vuelvan una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay un inconveniente: para sellar un Espíritu, debe hacer que se enamore de él.

Sin nada que perder, el estudiante corrientón Haruka Shinozaki se confiesa a la preciosa y diligente delegada de la clase, Akiho Kosaka. Para su sorpresa, la chica acepta. Kosaka se toma las citas de forma tan seria como se lo toma casi todo, pero parece que no termina de pillar del todo de qué va eso de salir con un chico. Al final, Kosaka termina sugiriendo actividades que quizás sean demasiado sexuales.

El rey demonio llamado Sadao está a un paso de conquistar su mundo alternativo cuando se transporta al Tokyo de nuestro mundo. Él termina trabajando a tiempo parcial en un restaurante de comida rápida a fin de mes. Con el fin de conquistar Japón, tiene que dar el primer paso y pasar de un empleado temporal a un empleado completo. Mientras tanto, la heroína Emilia llegó a Japón también, en persecución de Sadao.

Bem, Bela y Belo son feos monstruos humanoides (yōkai) que luchan por la justicia. Los monstruos viven entre los humanos y los protegen del mal yōkai. Los tres se encuentran excluidos tanto de los humanos como de otros yōkai, pero continúan luchando con la esperanza de que algún día se conviertan en humanos.

Kei Kusanagi, el protagonista de la historia, es un joven chico que vive en un pueblo de la montaña. Una noche, mientras está junto al lago, algo extraño ocurre, y ve a una guapa mujer aparecer delante suya. Más tarde, en clase, descubre que hay una nueva profesora en el instituto. Ya en su casa, ve que la profesora acaba de mudarse a la casa de al lado, y mientras la ayuda con la mudanza, descubre que es la mujer que vió la noche anterior. A partir de aquí comienza una gran historia, a ratos divertida a ratos más triste, en la cual se nos desarrolla la difícil relación entre un chico de instituto y una profesora (que además viene de otro planeta).

La historia comienza cuando Mithril, una organización de mercenarios que existe para mantener la paz mundial, se entera que una estudiante japonesa de nombre Kaname Chidori es el próximo blanco de la KGB (una de tantas organizaciones terroristas que la quieren capturar), ya que la han identificado como una posible "whispered". Entonces mandan un escudaron para protegerla, siendo el más competente Sagara Sousuke. Es entonces cuando la historia se torna cómica cuando el joven soldado Sagara interactúa con gente civil y normal, claro sin olvidarse de la trama y los enfrentamientos que suceden entre Mithril y sus misteriosos enemigos.

The Second Raid (TSR) es la secuela del primer Full Metal Panic y continúa la historia desde el final de la anterior. Basado en la novela de Full Metal Panic la versión anime entra en más detalles íntimos de Sousuke y Kaname, y por supuesto, de acción. La serie comienza dos meses después de los eventos ocurridos en el Tuatha de Danaan al final de la serie original (Full Metal Panic). Mithril toma conciencia de una organización secreta que tiene en sus manos tecnología capaz de contener el modo ECS (Electronic Cloaking System).

En Fumoffu veremos de nuevo las andanzas de Sōsuke y Chidori pero con un tono cómico más marcado. La historia se desarrolla sin los AS ya que toda la trama se encuentra fuera de los campos de batalla de Mithril. En su lugar la historia se desarrolla en la escuela y lugares aledaños, además de que observaremos a Sōsuke utilizando el disfraz del muñeco Bonta-kun, que es el apelativo común en Japón para los osos de peluche, con el que realizara varias aventuras y meterse en todo tipo de problemas con sus intentos fallidos para adaptarse a la vida común y corriente de Japón.

Era el año 37 de la era Meiji (1904), cuando el gran Imperio japonés comenzó a incrementar su poder nacional rápidamente debido a la occidentalización durante la era Meiji. En otra parte del mundo, Rusia estaba extendiendo su hegemonía al este y pronto entró en guerra contra Japón. La Guerra fue conocida como la guerra "Ruso-Japonesa" a partir de ese momento. El ejército japonés, con una rápida serie de victorias sobre Rusia, asombró al mundo. La guerra finalizó con la caída del puerto ruso de Arthur (Lushun en China) de mano de la armada japonesa.

Takeru es un huerfano que es acogido por Rokunushuke, maestro de kendo siendo el favorito de todos. Su amigo del orfanato, Takeshi es todo su opuesto y en su primera lucha, Takeru despierta en su instituto medio destruido al ser mandado a un mundo bastante extraño. Encuentra a sus amigos despues de encontrarse con varios peligros y apartir de aqui tendra que enfrentarse a miles de peligros para lograr salir con vida de ahy.

Beatrice... un poder que poseen determinados individuos y que les permite hacer cosas increíbles, cercanas a los milagros. Yoshimura Mamoru empieza su primer año en la famosa Escuela de Beatrice de Tokyo. En su primer día de clase, se encuentra a una chica preciosa mirando los cerezos. Mientras se queda contemplándola extasiado, ésta se da cuenta y, al devolverle la mirada, se sonroja y los cerezos florecen. Se acerca a Mamoru y, roja de timidez, le pregunta si quiere ser su novio... La chica se llama Takasu Ayako y es una estudiante de segundo curso, famosa tanto por su belleza, como por su potencial con el Beatrice, como por su mal genio. Tiene apodos como La Bruja Beatrice y la gente huye a su paso, aunque, por lo visto, está colada por Mamoru. ¿Seguro que Mamoru sabe dónde se está metiendo?

La serie cuenta la historia de un estudiante transferido al instituto privado Tsumugi, donde tendrá un romance con tres chicas: la gentil y perfecta Amamiya Sayuri, la activa y animada Kasuga Tsukasa, y la tímida Yayoi Mina.