La historia se centra en una agencia de detectives. Todo comienza con un chico llamado Ko que llega a los barrios bajos buscando a Takumi, su hermano mayor, que se fue de casa hace años atrás y del cual nunca más supo nada. Ambos hermanos se reúnen, y resulta que Takumi ahora es el encargado de regentar la agencia de detectives Mikuni. Ko quiere que Takumi vuelva, pero en realidad a él tampoco le hace mucha ilusión volver, con lo que acabará trabajando en la agencia.

Basado en el juego de Atlus, la historia nos sitúa en Japón, que está siendo invadido por extrañas criaturas conocidas como Septentriones, que acabarán con el mundo en 7 días. Mientras tanto, 13 humanos elegidos deberán formar contratos con demonios para poder salvar a la Tierra de estos invasores del espacio.

Nai busca a alguien importante para él, Karoku, teniendo solo un brazalete como pista. Un día Gareki, un ladrón, se topa con él dentro de una mansión a la cual estaba asaltando y donde Nai estaba como prisionero. Así, Gareki decide escapar con Nai, siendo perseguidos como criminales por la seguridad nacional. Ahora sin muchas posibilidades de vivir ambos se encuentran con la más famosa y poderosa organización de defensa de todo el país llamada "circus".

La historia nos situa en la isla de Iwado, Okinawa, donde ha surgido un movimiento que aboga por el retorno a un gobierno autónomo. Ao Fukai, un chico de 13 años de edad cuyo padre está en paradero desconocido, vive en la isla con el viejo doctor Toshio y está a punto de entrar en la escuela media. La madre de Ao fue secuestrada años atrás por unos individuos desconocidos. Naru Arata, amiga de la infancia de la misma edad que Ao será la heroína de la historia, vive con su padre, su hermano mayor y su abuela. Dispone del poder ?Yuta?, despertado a causa de un accidente cuando era joven. Una misteriosa entidad llamada ?Secret? aparecerá y atacará a los Scub Coral, forma de vida primigenia de la isla. Ao pilota un FP de los militares llamado ?Nirvash?, y lo hará con el firme propósito de proteger la isla

Hei y Yin han estado huyendo después de traicionar al Sindicato en la temporada pasada. Después de dejar Japón, Hei se encuentra con Suou Pavlichenko, una niña Euroasiática de 13 años que se ha visto envuelta en la guerra y políticas de varias facciones y Contratistas que compiten por el poder. Mientras tanto en Tokio continúa de pie Hell?s Gate (La Puerta del Infierno), después de que Hei intentara detener la activación de el arma de partículas anti-Gate Anillo de Saturno. Aunque los Contratistas están fuera de peligro de que sus existencias sean eliminadas, esto no evita que antiguos y nuevos Contratistas abusen de su poder. Mientras que Misaki Kirihara y su equipo en el Buró Público de Seguridad lidian con los casos de Contratistas que aumentan, ella también tiene que mantener al Sindicato a distancia, ya que tienen altos puestos dentro de la policía Japonesa y en Oficinas de Inteligencia alrededor del mundo.

La serie tiene lugar en Tokio después de que un terremoto de magnitud 8.0 en la escala de Richter sacuda la ciudad; Como resultado de ello, la torre de Tokio, el puente arcoiris y otros lugares característicos han sido destruidos. Seguirá la historia de los hermanos Onozawa, Mirai y Yuuki, que en aquél momento se encontraban visitando una exposición sobre robots en Odaiba con motivo de sus vacaciones de verano, y cómo luchan por llegar a su casa en Setagaya, donde se encuentra su madre. Ésta ha sido atendida por su parte por una chica llamada Mari Kusakabe.

En el Mundo de los Muertos, los altos cargos portan armas llamadas "Guadañas Mortales". Éstas se consiguen cuando el alma de una Guadaña (creada por un Técnico especialista) consigue comerse 99 almas humano-demonio y 1 alma de bruja. Pero la vida no siempre es fácil, ni para Técnicos ni para Guadañas, y puede costar trabajo llegar a ser una "Guadaña Mortal". Soul y Maka son los protagonistas de este anime (Soul el arma y Maka el técnico) junto con Black Star y su arma Tsubaki, y Death the Kid con las hermanas Thompson como armas (pistolas).

Persona -Trinity Soul- tiene lugar 10 años después del final de Persona 3. Se podría decir que es una continuación de dicho juego. Se sitúa en la ciudad japonesa de Ayanagi, localizada cerca del mar, donde la policía investiga varios casos que involucran un misterioso padecimiento llamado "Síndrome de Apatía" (que guarda relación con lo sucedido hace 10 años). Diez años atrás la ciudad sufrió un gran terremoto, del que se ha ido recuperando poco a poco. En medio de la crisis, dos hermanos llamados Shin y Jun Kanzato se mudan de regreso para ver a su hermano mayor Ry?, quien ahora es Superintendente de la Policía de la Ciudad de Ayanagi, habiendo pasado diez años desde que los hermanos se encontraron por última vez.

En un mundo futurista sometido a fallas geológicas, extraños fenómenos naturales y otros no explicados por una Federación unida con ambición de gobernar al mundo, parte la historia de dos personajes, Renton y Eureka que indirectamente cambiaran la visión del mundo sobre un suceso ?Verano del amor? que ciertamente a dado punta pie para el inicio de investigación y guerras por parte de la federación unida y un grupo antitotalitarista con sus ?propios ideales? que rivalizara contra ellos, su nombre es Gekko State y motivados por el suceso heroico de Adrock Thorston (fenomeno de las siete olas), padre de el protagonista Rentom Thorston harán lo imposible para interrumpir los planes de aquella federación unida, desvelar sus oscuros planes al mundo y lograr a toda costa un ?contacto? para su salvación.

Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric tratan de revivirla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia opera bajo la teoría del cambio equivalente y romper el tabú de la alquimia humana acarrea un alto precio. Ed pierde una de sus piernas y Al su cuerpo. Ed logra sellar el alma de Al dentro de una gran armadura, a costa de su brazo. Años después, Ed (ahora con dos extremidades mecánicas) y Al (aún atrapado en la armadura) dejan su casa de la niñez, cada uno preocupado por la felicidad del otro. Ed, quien tuvo un talento y habilidad natural para la alquimia, se convierte en un alquimista con certificado nacional y pronto es conocido en todas partes como el ?Alquimista Fullmetal?. El verdadero objetivo de ambos hermanos es buscar cualquier información sobre la legendaria Piedra Filosofal, con la esperanza de que ésta les permita recobrar sus cuerpos. Todas sus esperanzas descansan en la mítica piedra, que incluso puede no existir.