Konata Izumi, una estudiante japonesa de secundaria que a pesar de ser muy inteligente y atlética no esta en ningún club porque según ella esto interferiría con sus verdaderas pasiones: el Anime y los Videojuegos (en especial los MMORPG y juegos para mayores de 18 años). Siempre se la pasa con sus amigas Kagami Hiiragi, Tsukasa Hiiragi, y Miyuki Takara, donde cada una de ellas tienen diferentes características, pero han logrado enlazar una gran amistad, a pesar de que Konata y Kagami se fastidien de vez en cuando. A lo largo de esta historia veremos como se refuerzan los lazos y la amistad de estas inseparables amigas y como son las vidas de los diferentes personas en el país del sol naciente.

Sin nada que perder, el estudiante corrientón Haruka Shinozaki se confiesa a la preciosa y diligente delegada de la clase, Akiho Kosaka. Para su sorpresa, la chica acepta. Kosaka se toma las citas de forma tan seria como se lo toma casi todo, pero parece que no termina de pillar del todo de qué va eso de salir con un chico. Al final, Kosaka termina sugiriendo actividades que quizás sean demasiado sexuales.

La historia es acerca de Yuuki Rito, un muchacho de secundaria que no puede confesarse con la chica de sus sueños, Sairenji Haruna. Un día, cuando el regresó a casa y malhumorado, en la bañera, una misteriosa, chica desnuda, aparece de la nada. Su nombre es Lala y ella viene del planeta Deviluke, donde ella es la heredera al trono. Su padre quiere que ella vuelva a su planeta de origen, lo que le permite contraer matrimonio con uno de los candidatos a marido, pero ella decide que quiere casarse con Rito con el fin de permanecer en la Tierra.

La historia se centra en Lucy, una declonius (una mutación del ser humano creada por los hombres, que se caracteriza por tener dos pequeños cuernos en la cabeza y dos brazos invisibles de dos metros) que consigue escapar del centro de investigación donde la tenían retenida junto a otros declonius para estudiarla, en la huida es alcanzada por un francotirador que la destruye el casco que protegía su cabeza dejándola inconsciente. Lucy es arrastrada por las olas hasta una playa donde es encontrada por Kouta y Yuca que la llevan a un viejo restaurante. Debido al disparo del francotirador Lucy ha perdido la memoria por completo y pasa de ser una sádica asesina a una inocente chica que solo sabe decir Nyu, por lo que Kouta y Yuca deciden llamarla así. Con el paso del tiempo Lucy irá recordando cosas del pasado.

Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.

En un apartamento, tres chicas conviven junto al protagonista de esta historia. Cada una con su personalidad, sus aspiraciones y manera de ver la vida. En One Room, conoceremos el día a día de cada una.

La historia nos lleva a través de las aventuras de Tatsumi, un joven boxeador que viajó a la capital imperial para unirse al ejército. Sin embargo, descubre que la ciudad está dañada por el ansia de poder de los funcionarios, que se aprovechan de la falta de experiencia del emperador para gobernar a su antojo. Después de tener cierto encuentro, Tatsumi se encuentra involucrado dentro de un grupo de asesinos en la sombra llamados "Night Raid", luchando contra la tiranía de la Ciudad Imperial...

La trama se produce en un instituto dirigido a la fuerza por la presidenta del consejo de estudiantes Satsuki Kiryuuin. Todo cambiará cuando Ryuuko Matoi, una estudiante de transferencia que empuña una gran espada con forma de tijera “Basami”, comience a provocar un levantamiento en el campus.

La historia sigue a Hime Arikawa, un estudiante que siempre ha sido perseguido por gente que lo está molestando. Mas su vida cambia radicalmente cuando es rescatado por las chicas del consejo estudiantil, quienes le dan la oportunidad de uniese la organización… con la condición de seguir sus ordenes.

En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.

Tada Banri, es un estudiante de nuevo ingreso en una escuela privada de derecho en Tokio, después de la ceremonia de apertura, él estaba completamente perdido tratando de encontrar el camino hacia el salón de orientación para los de primer año. En ese momento, se encuentra con un estudiante de primer año, que también estaba perdido, Mitsuo Yanagisawa. De alguna manera llegaron al lugar donde se dirigían, pero de repente frente a los dos aparece una chica hermosa que sostiene un ramo de rosas. La chica golpeó a Mitsuo en la cara con el ramo. "felicidades, estudiante de nuevo ingreso", fue todo lo que dijo, y luego se fue. La mujer que golpeo a Mitsuo se trataba de su amiga de la infancia, Kaga Kouko. Cuando eran niños se habían prometido a casarse cuando algún día llegarán a cumplir sus sueños. Con el fin de escapar de ella, Mitsuo había salido secretamente y tomado el examen de este colegio privado muy conocido.

CLANNAD es un anime que se enfoca en la vida de Okazuki Tomoya, un chico de instituto que cursa el último año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demás chicos de su edad. Un día camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exótica que tiene como costumbre hablar con si misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.