Phantom Bullet transcurre un año después de completarse SAO, cuando Kirito recibe una llamada del investigador Seijirou Kikuoka para hablar de un extraño caso relacionado con el juego Gun Gale Online. Un misterioso jugador llamado Death Gun es capaz de matar a personajes en el juego y, a su vez, matar a quienes los controlan en el mundo real. Kirito entrará en el juego para investigar cómo es eso posible y allí conocerá a Sinon, que será su guía en este nuevo mundo.

"Ash, un chico de Pueblo Paleta, se queda dormido la mañana de su décimo cumpleaños, la edad en la que ya se le está permitido ser Entrenador Pokémon. Ash está deseando conocer pokémon que nunca ha visto y explorar el mundo pero, por quedarse dormido, el único pokémon que queda para que le acompañe en sus viajes es un Pikachu. Los Pikachu son conocidos por no apegarse a los humanos pero, conforme se enfrentan a adversidades, los dos van entablando una amistad. Cuando ven un Ho-Oh sobrevolarles, se prometen que lo buscarán y tocarán una de sus alas de arcoíris. Además, en su viaje se encontrarán con dos entrenadores más, Makoto y Soji, que se unirán a ellos en su camino. El grupo será seguido por Marshadow, un misterioso Pokémon que les revela que aquellos guiados por el ala de arcoíris conocerán a Ho-Oh y se convertirán en los Héroes del Arcoíris. En su aventura en busca del Ho-Oh hacia el Monte Tensei se encontrarán con un adversario que les intentará impedir llegar a su destino. ¿Lograrán encontrar a Ho-Oh?".

"¿Dónde estoy...?". Sin recordar cómo, Kirito se ha sumergido en un nuevo mundo virtual de fantasía. Con apenas unos pequeños retazos de recuerdos sobre lo que ocurrió antes de entrar al juego, comienza a vagar por él buscando alguna pista. Finalmente llega a un enorme y oscuro árbol, el Cedro Gigas, donde conoce a un joven. "Me llamo Eugeo. Es un placer conocerte, Kirito". Aunque es supuestamente un habitante de ese mundo virtual, un mero NPC, el joven parece mostrar el mismo abanico de emociones que cualquier ser humano. Kirito forja amistad con Eugeo y continúa buscando la forma de salir de este mundo virtual. Es entonces cuando recuerda algo que ocultaba en su interior. Recuerda haber corrido por las montañas con Eugeo cuando solo era un niño... Un recuerdo imposible que no debería tener, y en ese recuerdo ve también a una niña de cabellos rubios: Alice. Ese es un nombre que nunca deberá olvidar...

Después de que el Reino Dorado sea hundido bajo tierra por un mago demente, su rey emerge, prometiendo todo su tesoro a quien derrote al mago, antes de desmoronarse. Los gremios se ven alentados por esta promesa y atraviesan la mazmorra laberíntica en busca del mago. Laios, el líder de uno de estos gremios, se encuentra con un dragón que aniquila a su grupo y devora a su hermana Falin. A pesar de haber perdido la totalidad de sus suministros y pertenencias, Laios, junto con Marcille, una curandera elfa, y Chilchuck, un ladrón halfling, vuelven a entrar inmediatamente en la mazmorra, decididos a salvar a Falin. Como el tiempo es esencial, Laios sugiere el tabú de comerse a los monstruos de la mazmorra como medio de reunir provisiones. Cuando preparan su primera comida en la mazmorra, un enano llamado Senshi los detiene. Un entusiasta de la cocina de monstruos, les ayuda a preparar sus ingredientes de monstruos para un consumo seguro. Tras conocer las circunstancias de Laios, Senshi expresa su deseo de cocinar un dragón y se une a su gremio, comenzando así su incursión juntos en la mazmorra llena de comida.

Amu, una chica de 6º de primaria, que no puedo mostrar su verdadero yo, pide un deseo y gracias a el un día aparecieron tres huevos guardianes. Junto con sus nuevos amigos y guardianes "Charas", las cuales nacieron de los huevos, tendrán unas divertidas aventuras.

Satoshi y su Pikachu se dirigen a una nueva región, Alola, cambiando totalmente su atuendo. Él recibe un Anillo Z y se convierte en un estudiante.

Kirito y el resto decide lanzarse a una misión acuática dentro del mundo de ALO para que Yui pueda cumplir su deseo de ver una ballena. Mientras se preparan para partir, descubren algo que les deja impactados... a Leafa, o Suguha, le da miedo el agua. Con ello, Asuna y el resto de chicas del grupo deciden enseñar a Suguha a nadar en una piscina en el mundo real. Mientras tanto, Kirito se encuentra con alguien...

La película tiene lugar tras los hechos acontecidos en la segunda temporada animada. Kirito, Asuna y sus amigos empiezan a jugar a un nuevo juego conocido como OS (Ordinal Scale) que, a diferencia de los juegos anteriores, utiliza un sistema de realidad aumentada llamado Augma. En este juego, los jugadores se clasifican de acuerdo a sus rangos por lo que los jugadores con rangos inferiores tienen grandes desventajas. Sin embargo, Kirito y sus amigos descubren que algo va mal cuando se encuentran con monstruos de Aincrad.

La historia nos sitúa nuevamente en la Era Sengoku, donde varios grandes señores militares aspiran a conseguir el shogunato de Japón. En el juego, el "Dios de las Cartas de Guerra" ha sido sellado en seis tesoros escondidos, y aquellos que los buscan se ven inmersos en combates y más combates.

Segunda parte de Sword Art Online: Alicization