Tras un largo y complicado viaje, el héroe llega finalmente al castillo de Maou, la señora oscura, solo para descubrir que le piden ayuda. El héroe explica que la guerra que los demonios han provocado con los humanos ya ha matado a miles de personas y ha dejado a aun más en la miseria. La reina de los demonios sin embargo le responde que gracias a la guerra, la sociedad humana ha podido unirse más y le muestra pruebas de que ha incrementado la población, la producción, potenciado la economía y mejorado la soeicedad en general. Y lo que es más, según ella, acabar con la guerra derivaría en una guerra civil que produciría aun más derramamientos de sangre. El héroe, convencido de que la única forma de alcanzar la ?paz? por decirlo de alguna manera, es unirse a la señora oscura, decide aliarse con ella.

Sin nada que perder, el estudiante corrientón Haruka Shinozaki se confiesa a la preciosa y diligente delegada de la clase, Akiho Kosaka. Para su sorpresa, la chica acepta. Kosaka se toma las citas de forma tan seria como se lo toma casi todo, pero parece que no termina de pillar del todo de qué va eso de salir con un chico. Al final, Kosaka termina sugiriendo actividades que quizás sean demasiado sexuales.

Itsuka Shidou es un estudiante de instituto que, durante las vacaciones, vive en primera persona un suceso sin igual. Ante él aparece una chica con armadura, que destruye la ciudad que tiene delante. La chica responde ante el nombre de Tooka, y según la hermana de Shidou, es un espíritu (?seirei?, 精霊), los cuales causaron un terremoto espacio-temporal 30 años atrás. La hermana de Shidou revela que su verdadera identidad es la de la líder de la organización Ratatosk y le cuenta a Shidou que la única manera que tienen de salvar el mundo es hacer que Tooka se acabe enamorando de él y tengan una cita.

Fuyuzora Kogarashi tiene habilidades espirituales, y ha sido poseído por fantasmas desde que era un niño. Esto ha causado un montón de problemas en su vida, pero ahora ha aprendido a luchar contra los malos espíritus. Por desgracia, él ahora es muy pobre, no tiene hogar ni la esperanza de una vida feliz, más normal e ir a la escuela secundaria. En su búsqueda de una vivienda, encuentra un casa de huéspedes muy barata llamada Yuragi-sou, que anteriormente era un lugar popular de aguas termales. Es tan barato el alquiler porque allí habita un espíritu de un estudiante de secundaria cuyo cadáver fue encontrado allí. Kogarashi no cree que esto vaya a ser un problema para él, ya que el resto de sus inquilinos son mujeres atractivas. Mientras se relaja en las aguas termales, encuentra un problema; El fantasma de Yuragi-sou es una chica de 16 años llamada Yuuna, que vive en su habitación. Kogarashi no tiene ningún deseo de hacerle daño a una chica fantasma, y en su lugar termina por aceptar ayudarla a poder pasar a la otra vida antes de caer en el mal e ir al infierno. Una vez que está bien con Yuuna, los otros inquilinos revelan sus propios secretos sobrenaturales, y así su vida en Yuragi-sou va a ser lejos de ser algo normal.

La serie está protagonizada por un héroe que ha entrenado tanto que se ha quedado calvo, y tiene tanta fuerza que puede acabar con cualquier enemigo de un solo puñetazo. Sin embargo, al ser tan fuerte, se aburre y se frustra porque no le cuesta nada vencer sus batallas.

La historia comienza con Junichi “Jun” Hashiba, un estudiante de instituto no popular al que le preocupa perder su virginidad. Empujado por sus compañeros, Jun se pone de rodillas y confiesa su amor a su compañera de clase, Yukana Yame. La confesión sorprendentemente funciona y la pareja comienza a salir. Pero Jun se encuentra en tierra desconocida con Yame, una “gal” (gyaru) fashion y preocupada por las tendencias.

En Agosto del año 20XX, un portal hacia un mundo paralelo conocido como “Gate”, aparecer repentinamente en Ginza, Tokio. Tropas de monstruos salen del portal y convierten al distrito comercial en una infierno sangriento. La Fuerzas de Defensa Japonesa toman rápidamente acciones y logran devolver las criaturas al Gate. Para facilitar las negociaciones y prepararse para las futuras peleas, se envía a un equipo de reconocimiento hacia la el otro lado del portal. Youji Itami, un soldado del ejercito japones y otaku de 33 años es seleccionado como el líder de la tropa de reconocimiento, en donde la tropa no solo conocerá a los pobladores y series de este nuevo mundo, también realizaran labores humanitarias en donde Youji conocerá a una elfa, una maga y una semi-diosa. Mientras que en en el aspecto internacional, las Super-potencias buscan una oportunidad para “explorar” el nuevo mundo.

Ichiro Inuyashiki es un hombre de 58 años, con una vida bastante rutinaria, empleado de oficina y una familia que prácticamente le desprecia. Un día, tras un chequeo médico, descubre que tiene cáncer terminal y que le queda poco tiempo de vida. Por si fuera poco, de camino a casa… ¡Una nave extraterrestre aterriza encima de él! Al despertar, Inuyashiki ya no es el mismo: ha sido reconstruido como una máquina de matar. Pero un nuevo cuerpo conlleva una gran responsabilidad: ¿se convertirá Inuyashiki en un héroe o quizás en la peor pesadilla de la humanidad?