La historia da comienzo cuando Yggdrasil, un popular juego online, es cerrado un día sin previo aviso. Sin embargo, el protagonista, Momonga, decide no salir del juego. Momonga así se transforma y se convierte en “el mago más poderoso”. El mundo sigue cambiando con él dentro, y los NPCs comienzan a sentir emociones. Sin familia, amigos ni lugar en la sociedad, Momonga tendrá que luchar por adaptarse al nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.

La historia de este anime original comienza cuando la protagonista, una chica de 14 años llamada Ohto Ai, escucha una misteriosa voz mientras camina por la noche en su pueblo natal. Esa voz le otorga un huevo y le indica: “Si deseas cambiar el futuro, solo tienes que elegir ahora. Ahora, cree en ti misma y rompe el huevo”. Lo que le espera a Ai después de romper el huevo...

En un futuro cercano, los océanos han inundando la mayor parte de la tierra, matando a miles de millones de personas, debido a las acciones del científico Zorndyke. La mayoría de las ciudades que quedaron de pie, fueron posteriormente atacadas por el Ejército de Chiron perteneciente a Zorndyke. Ahora, la humanidad lucha por sobrevivir contra las creaciones producidas por Zorndyke. La mayor esperanza que tiene la humanidad de solucionar el conflicto recae en su fuerza élite de submarinos Clase Azul.

La historia abarca 13 años y comienza presentándonos a Hana, una universitaria de 19 años que se enamora de un ookami (un espíritu lobo). Ambos se casan y se convierten en los orgullosos padres de dos niños-lobo: la mayor llamada Yuki (nieve) y el menor llamado Ame (lluvia), nombres otorgados por el clima del día de sus respectivos nacimientos. La familia vive feliz a las afueras de la ciudad ocultando la verdadera naturaleza de padre e hijos, pero cuando el cabeza de la familia muere, Hana decide mudarse a un pueblecito alejado de la ciudad.

Mientras miraba las noticias, Takemichi Hanagaki se entera de que su novia de secundaria, Hinata Tachibana, ha muerto. La única chica que alguna vez se fijó en él fue asesinada por un grupo de criminales conocidos como la Banda Tokyo Manji. Takemichi vive en un viejo departamento con delgadas paredes, y en su trabajo, su jefa seis años menor que él lo trata como basura. Para rematar, es un completo virgen… En la cúspide de la miseria de su vida, de repente vuelve en el tiempo doce años a sus días de secundaria. Para salvar a Hinata y cambiar el curso del tiempo, ¡el alguna vez inútil trabajador de medio tiempo Takemichi deberá buscar volverse el líder de la banda criminal más tenebrosa de Tokio!

La historia se sitúa en un entorno bélico el cual es protagonizado por una feroz batalla entre dos bandos, el imperio y la república. Ambos bandos cuentan con lideres altamente capacitados los cuales tendrán que idear el mejor de los planes para derrotar a su enemigo.

“Aquello”, una misteriosa forma de vida inmortal, es enviado a la Tierra sin emociones ni identidad. Sin embargo, “aquello” es capaz de tomar la forma de aquellos a su alrededor siempre y cuando hagan contacto por lo menos una vez. En primer lugar, “aquello” fue una esfera. Después, imitó la forma de una roca. A medida que la temperatura bajó y la nieve cayó sobre el musgo, “aquello” tomó la forma del musgo. Cuando un lobo herido y solitario llegó cojeando y se desplomó a su muerte, “aquello” tomó la forma del animal. Finalmente, luego de todo esto, obtuvo su conciencia y comenzó a atravesar la vacía tundra hasta que encontró un niño. El chico vive solo en un pueblo abandonado, en donde los adultos existieron hace mucho tiempo mientras buscaban el paraíso que, se dice, existe más allá de la tundra blanca. Sin embargo, sus esfuerzos fueron en vano y ahora el niño está en un estado crítico. Tomando la forma del chico, “aquello” emprendió un nuevo viaje interminable en la búsqueda de nuevas experiencias, lugares y personas.

A la estudiante de preparatoria Hayase Nagatoro le encanta pasar su tiempo libre haciendo una cosa, ¡y eso es molestar a su Senpai! Después de que Nagatoro y sus amigos se topan con los dibujos del aspirante a artista, disfrutan molestando sin piedad al tímido Senpai. Nagatoro decide continuar con su cruel juego y lo visita a diario para poder obligar a Senpai a hacer lo que le interese en ese momento, especialmente si eso lo hace sentir incómodo. Ligeramente interesado por Nagatoro y algo temeroso de ella, Senpai está constantemente involucrado en sus payasadas mientras sus intereses, pasatiempos, apariencia e incluso personalidad se usan en su contra mientras ella se entretiene a sus expensas. A medida que pasa el tiempo, Senpai se da cuenta de que no le desagrada la presencia de Nagatoro, y los dos desarrollan una amistad incómoda mientras uno soporta pacientemente las payasadas del otro.

Yuuji Itadori es un estudiante de instituto con unas habilidades físicas excepcionales. Todos los días, como rutina, va al hospital a visitar a su abuelo enfermo y decide apuntarse al club de ocultismo del instituto para no dar un palo al agua… Sin embargo, un buen día el sello del talismán que se hallaba escondido en su instituto se rompe, y comienzan a aparecer unos monstruos. Ante este giro de los acontecimientos, Itadori decide adentrarse en el instituto para salvar a sus compañeros. ¿Qué le deparará el destino?

Lingalind es un lugar rodeado por un muro que protege y ayuda a dar prosperidad a esas tierras. El muro es la base sobre la que prospera Lingalind, casi como su dios. Un día aparece un misterioso hombre llamado Back Arrow en Edger, un pueblo en la zona más exterior de Lingalind. Arrow ha perdido sus recuerdos, pero hay algo que sí sabe: procede del exterior del muro. Para recuperar sus recuerdos, Arrow se aventura por los interiores del muro, pero tendrá que enfrentarse a sí mismo.

Enemigos llamados Siren aparecieron repentinamente del mar. Para luchar contra ellos, se formó un grupo del ejército, Azur Lane. Tuvieron éxito en repeler el ataque de los Siren utilizando buques de guerra, demostrando los diferentes ideales de las personas que lo formaron. La historia trata sobre las chicas que luchan contra fuertes enemigos mientras lidian con los problemas en cada campamento.

Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.