La historia trata de Sumika Murasame, una chica de 15 años que está enamorada de su mejor amiga, Ushio Kazama. A Ushio le gustan las chicas tiernas, no como Sumika, que es alta, buena en los deportes y ayuda a mantener el dojo familiar. Por lo tanto, se ve forzada a ver como Ushio se enamora de chica tras chica, pero nunca ella. Sin embargo, podría haber un giro y las cosas podrían cambiar.
Yuri Katsuki es un patinador artístico que, asumiendo las expectativas de todo Japón, experimentó una derrota aplastante en la final de Gran Prix. Con esto, él vuelve a su ciudad natal en Kyushu.
Medio queriendo continuar con el patinaje y medio queriendo retirarse, Yuri se ha refugiado en la casa de su familia. Es entonces cuando Víctor Nikiforov, el campeón mundial en cinco ocasiones, se le acerca de repente ...
Yuri Katsuki, un patinador japonés en el borde. Yuri Plisetsky, un joven patinador ruso que domina a sus competidores de alto nivel. Estos dos Yuris, junto con el actual campeón Víctor Nikiforov, ¡están a punto de entrar en un incomparable Gran Prix de patinaje artístico!
Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.
El final original de Neon Genesis Evangelion mostrado en los dos últimos capítulos de la serie de TV fue criticado unánimemente debido a la enorme cantidad de preguntas que dejó sin resolver. Sin más remedio, GAINAX decidió rehacer el final lanzando la película The End of Evangelion (El Final de Evangelion), que sustituye a los dos últimos episodios de la serie de TV. The End of Evangelion nos narra los acontecimientos ocurridos tras la muerte del último Ángel, revelándose un plan orquestado desde las sombras para forzar la evolución de la Humanidad, con un carácter cada vez más apocalíptico y oscuro mientras avanza la película, resolviendo las dudas dejadas de lado en el final original.