Existe un mundo después de la muerte, en donde las almas de las personas cuya vida fue injusta, tienen una segunda oportunidad de alcanzar la paz, y así volver a nacer. Pero la verdad es que nadie sabe muy bien como funciona este lugar donde no existen las enfermedades y no se puede morir (al menos de la forma que nosotros entendemos como muerte). Debido a la confusión se crean 2 bandos en conflicto: el Shinda Sekai Sensen (SSS), que lucha contra las intenciones de Dios por la vida injusta que les designó; y el bando formado por Tenshi (Ángel), cuyo único interés es que las demás personas se realicen y puedan renacer. En este mundo aparece nuestro protagonista, Otonashi, quien sin recuerdos de su vida anterior, se embarca en una aventura donde forja amistades profundas. Poco a poco recobra su memoria y ayuda a resolver los dilemas de las personas en este mundo.
Ayuzawa Misaki, presidenta del consejo estudiantil, es la protagonista de esta comedia romántica con su enorme aversión hacia los hombres, lo cual resulta ser un gran problema ya que su escuela solía ser solo de hombres y la población femenina es bastante reducida. Misaki tiene un ?enorme secreto? ya que trabaja en un maid cafe y es descubierta por Usui Takumi, el chico mas guapo y popular de la escuela.
La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?
Shirayuki es una bella muchacha pelirroja, algo muy extraño en su país, que trabaja como curandera. Ante la insistencia del príncipe del país en desposarla, Shirayuki decide huir. Es entonces cuando conoce a Zen, el príncipe de un país vecino al suyo. A pesar de su juventud, Zen sabe cómo hacerse respetar por sus conciudadanos, lo que lleva a Shirayuki a convertirse en la médico de la corte.
Nino Arisugawa, una chica que adora cantar, experimenta por primera vez el dolor de tener que despedirse de su compañero de la infancia, Momo, que se muda. Después de la partida de Momo y tras hacerse amiga de Yuzu, un compositor, ¡Nino tiene que volver a experimentar otra triste separación! Con la música como única conexión y enlace, ¿cómo acabará este amor no correspondido? Como los dos chicos le prometieron que se volverían a reunir gracias a su canto, Nino se aferra a esa esperanza y sigue intentando que su voz les llegue. Ya en el instituto, Nino vuelve a reunirse por casualidad con Yuzu, pero anhela ver a Momo de nuevo…
La Academia Privada Seiso es un establecimiento que está dividido en dos sectores, uno para los alumnos comunes y otro para los que tienen vocación para la música. Una mañana una alumna del sector normal, Kahoko, se le hace tarde para la clase y en la entrada del colegio se encuentra con un misterioso ser alado que le pide un favor. Este pequeño duende, Lili, le cuenta que el fundador del colegio le había salvado la vida y le promete hacer del colegio un lugar donde todos puedan disfrutar de la música; pero necesitaba de alguien y hasta el día de hoy nadie le podía ver... así que le pide a Kahoko que toque un violín mágico e interprete un tema que llegue a los corazones de todos. Así, arregla todo para que ella entre al concurso que se realiza en el sector de música. Poco a poco, Kahoko irá conociendo el mundo de la música pero ¿podrá convencer a todos con su mágica melodía?
