Las personas no nacen igual. El protagonista de esta historia es uno de esos casos raros que nacen sin superpoderes, pero esto no le impedirá perseguir su sueño: ser un gran héroe como el legendario All-Might. Para convertirse en el héroe que quiere ser, se apuntará a una de las academias de héroes más prestigiosas del país: Yueiko. Con la ayuda de su ídolo, All-Might, ¿podrá convertirse en un verdadero héroe?
Como un niño obeso, Makabe Masamune sufrió del implacable acoso y la burla de una chica en particular, Aki Adagaki. Decidido a vengarse algún día de ella, comienza con un riguroso régimen de superación y transformación personal. Años más tarde, resurge como un hombre nuevo: atractivo, popular, con notas perfectas y bueno en los deportes. Masamune se matricula en el mismo instituto de Aki, dispuesto a hacerle pagar por todas las humillaciones que sufrió años atrás. Pero ¿será la venganza tan dulce como él pensaba?
El anime estará formado por un conjunto de arcos argumentales de cuatro capítulos cada uno, centrados respectivamente en cada protagonista: Hikari Tsuneki, Touru Miyamae y Kyouko Touno. Las historias de amor tendrán lugar en el verano del segundo año de instituto de las chicas. A Shouichi, el protagonista, le provoca ansiedad la idea de crecer, y su tutora lo llama para hablar de sus planes de futuro. Shouichi conoce a varias chicas y se encamina hacia un porvenir incierto.
La historia gira en torno a los Caballeros Mágicos, usuarios modernos de la magia que luchan con sus propias almas convertidas en armas. Ikki Kurogane asiste al colegio de estos caballeros, pero resulta ser el “caballero fallido” o “el peor caballero” que está fracasando por no tener habilidades mágicas. Sin embargo, un día es retado a duelo por Stella, una princesa extranjera y la estudiante número uno del colegio. En este duelo, “el perdedor tiene que ser obediente hacia el que gane por el resto de su vida”.
Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO.
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Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendra que hacer equipo.
Phantom Bullet transcurre un año después de completarse SAO, cuando Kirito recibe una llamada del investigador Seijirou Kikuoka para hablar de un extraño caso relacionado con el juego Gun Gale Online. Un misterioso jugador llamado Death Gun es capaz de matar a personajes en el juego y, a su vez, matar a quienes los controlan en el mundo real. Kirito entrará en el juego para investigar cómo es eso posible y allí conocerá a Sinon, que será su guía en este nuevo mundo.
El protagonista de esta historia, Yuu Haruna, un chico al que le encanta usar Twitter, acaba de mudarse a la ciudad con sus hermanas después de que sus padres se marchasen al extranjero por motivos de trabajo. Una noche, mientras sale a comprar la cena, se topa con una misteriosa chica, llamada Fuuka Akitsuki, la cual le rompe su teléfono creyendo que iba a fotografiarle su ropa interior. Así da inicio un encuentro que cambiará sus vidas.