Amano Yukiteru, un estudiante de 2º año de secundaria, es un chico solitario e introvertido que gasta todo su tiempo escribiendo un diario en su celular desde el punto de vista de un espectador. Su único amigo es un producto de su imaginacion, Deus Ex Machina, el Dios del Tiempo y el Espacio. Un día, este dios le da al diario de Yukiteru la habilidad de ver lo que sucedera en los siguientes 90 días en el futuro y enrola a Yukiteru en un torneo mortal donde debera luchar por su vida contra los poseedores de otros diarios similares.
Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.
La historia se centra en Lucy, una declonius (una mutación del ser humano creada por los hombres, que se caracteriza por tener dos pequeños cuernos en la cabeza y dos brazos invisibles de dos metros) que consigue escapar del centro de investigación donde la tenían retenida junto a otros declonius para estudiarla, en la huida es alcanzada por un francotirador que la destruye el casco que protegía su cabeza dejándola inconsciente. Lucy es arrastrada por las olas hasta una playa donde es encontrada por Kouta y Yuca que la llevan a un viejo restaurante. Debido al disparo del francotirador Lucy ha perdido la memoria por completo y pasa de ser una sádica asesina a una inocente chica que solo sabe decir Nyu, por lo que Kouta y Yuca deciden llamarla así. Con el paso del tiempo Lucy irá recordando cosas del pasado.
Bajo el constante ataque de los Angeles, NERV introduce dos nuevos pilotos: la misteriosa Makinami Mari Illustrious, y a la intensa Asuka Langley Shikinami. Paralelamente, Gendo Ikari y SEELE proceden con el proyecto secreto que involucra tanto a Rei como a Shinji. You Can (Not) Advance comienza con el ataque del Tercer Ángel y la aparición de una nueva piloto con el EVA-05, mientras Asuka llega a Tokio-3 con el EVA-02 durante el ataque del Séptimo Ángel. Mientras avanza, la película vuelve a mostrarnos los clásicos conflictos emocionales de la serie, añadiendo nuevas escenas y mejor animación, con un final apocalíptico sorprendente.
En este mundo, en la guerra se utilizan armas blindadas con forma humanoide conocidas como "Titatonostrider" ("TS" para abreviar). Tropas de varios países se reúnen en la isla de Oahu (Hawái), entre ellas Ao Isami, de las Fuerzas de Autodefensa Terrestre de Japón, y Lewis Smith, del cuerpo de marines de los Estados Unidos. Isami y Smith se cruzan durante la batalla, pero de repente un enemigo desconocido ataca a sus equipos, dispersa a los soldados y desorganiza sus fuerzas. Para salvar a sus amigos y sobrevivir en el campo de batalla, los dos deberán luchar con todo el coraje y el orgullo que puedan reunir.
