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Ya han pasado unos años desde la explosión en la "Puerta del Cielo", fue el mayor desastre conocido por la humanidad. En referencia a la fecha en la que ocurrió (10-10), el suceso fue llamado "Twin X", desde entonces, un extraño cambio en el magnetismo de la Tierra hizo que dejaran de funcionar todos los aparatos electrónicos.
La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.
Existe una raza de monstruos canibales llamada "Shokujinki" y es el trabajo de los Kifuuken detenerlos. Momota Toshihiko, un espadachin experto e hijo del lider de la organizacion Kifuuken inesperadamente se enamora de una chica llamada Yuka a primera vista. De cualquier forma, la relacion de la pareja es mucho mas complicada de lo que parece a primera vista porque... Yuka es un Shokujinki.
Corre el rumor que en internet existe una pagina "el correo del infierno", en el cual solo puedes accesar a las 12 de la madrugada, se dice que si escribes el nombre de la persona a quien odias, Jigoku Shoujo (La chica infernal) se vengara por ti enviando a esa persona al infierno, pero... maldecir a una persona tiene sus consecuencias, cuando mueras tu alma también sera llevada al infierno. Futakomori es la secuela de la ya conocida Hell Girl, solo que ahora además de las aterradoras historias de personas con sed de venganza se explica la historia de los personajes y se añade uno mas (Kikuri)
Kurosaki Ichigo es un estudiante de instituto de 15 años, que tiene una peculiaridad: es capaz de ver, oír y hablar con fantasmas. Pero no sabe hasta dónde puede abarcar la clasificación de espíritus, ni lo que conlleva el saberlo. Un buen día, una extraña chica de pequeña estatura que viste ropas negras de samurai entra en su cuarto. Se llama Rukia Kuchiki, y es una Shinigami (Dios de la Muerte). Ante la incredulidad de Ichigo, le explica que su trabajo es mandar a las almas buenas o plus a un lugar llamado la Sociedad de Almas, y eliminar a las almas malignas o hollows. Luego junto a Inoue Orihime, Ishida Ury y Sado Yasutora se veran envueltos en diferentes batallas, las cuales iran desarrollando sus diferentes habilidades que le otorgaran a cada uno su importancia en la serie.
El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokio-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (Supremo Comandante de NERV), con la amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 para luchar contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.
Bajo el constante ataque de los Angeles, NERV introduce dos nuevos pilotos: la misteriosa Makinami Mari Illustrious, y a la intensa Asuka Langley Shikinami. Paralelamente, Gendo Ikari y SEELE proceden con el proyecto secreto que involucra tanto a Rei como a Shinji. You Can (Not) Advance comienza con el ataque del Tercer Ángel y la aparición de una nueva piloto con el EVA-05, mientras Asuka llega a Tokio-3 con el EVA-02 durante el ataque del Séptimo Ángel. Mientras avanza, la película vuelve a mostrarnos los clásicos conflictos emocionales de la serie, añadiendo nuevas escenas y mejor animación, con un final apocalíptico sorprendente.
La historia empieza 14 años después del Casi Tercer Impacto, el gobierno japonés decide desmantelar NERV y arrestar a su personal, durante los 14 años varios miembros de NERV obtienen su libertad y deciden formar una organización llamada WILL-E cuyo supuesto propósito es limpiar los mares, en realidad tratan de detener los planes de la nueva NERV. Ikari Shinji se despierta y ve lo que él provocó, tratando de arreglarlo, sin darse cuenta de lo que provocaría.