Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.
En un futuro muy cercano, se descubre a una enorme raza de insectos navegando por la galaxia. Estos alienígenas se dedican a la erradicación de la especie humana en cuanto ponen sus pies en el Sistema Solar, y se acercan cada vez más a la Tierra. La humanidad ya respondido desarrollando naves espaciales y gigantes robots de combate. Estos robots serán pilotados por los mejores y más brillantes jóvenes de la Tierra, elegidos de las academias de entrenamiento de todo el mundo. La historia comienza en el año 2023, poco después de la primera batalla contra los alienígenas, y se centra en la joven Noriko Takaya. A pesar de que el padre de Noriko era un famoso capitán del ejército espacial que fue asesinado durante los primeros combates de la guerra, sus habilidades como piloto son incuestionables. No obstante, ha accedido a una escuela de entrenamiento. A lo largo de la serie, Noriko conoce a Kazumi Amano, que le ayudará a superar el trauma de la guerra, las dudas que la abordan y su propia falta de confianza.
La sangre demoníaca invade las venas de Donovan, más el cazador niega sus orígenes y decide acabar con las criaturas de la oscuridad que invaden el mundo de los humanos. Tras salvar a la pequeña Amanda (Anita), recorre junto a la niña las tortuosas y oscuras tierras de los humanos, invadidas por criaturas de ultratumba que son perseguidas y cazadas por diferentes defensores de la humanidad, como las hermanas Lin Lin y Rei Rei. Pero algo más oscuro se esconde tras toda la revelión de los Darkstalkers..
