La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso.

Trata de la vida de la estudiante de secundaria superior Haruhi Suzumiya y de aquellos que quedan atrapados en sus locuras. Aunque Haruhi es el personaje central, la historia es contada desde el punto de vista de Kyon, uno de sus compañeros de clase. Kyon es un estudiante de secundaria superior que recientemente ha dejado atrás sus fantasías de sucesos paranormales, viajeros del tiempo, y aliens, junto con la escuela secundaria inferior. Sin embargo, cuando elige hablar con una chica excéntrica que responde al nombre de Haruhi Suzumiya el primer día de clase, inintencionalmente desata una cadena de eventos que lo llevan a situaciones enteramente diferentes del mundo real.

Saya es una estudiante que lleva una vida tranquila con su familia, con una excepción: ella no recuerda nada acerca de su vida anterior al último año. Un día, un inesperado evento transforma su pacífica vida en una aventura caótica. Un apuesto músico que viste de negro se aparece ante ella, su nombre es Hagi(pronunciado:hatgi). En el momento en que pone en sus manos una katana, la historia comienza un nuevo curso.

El protagonista de la historia, Jun'Ichi Asakura, que va a la Academia Kazami, tiene el poder de ver los sueños de los demás cuando duerme. Además, aprendió la magia que le enseñó su abuela, que le permite crear dulces. Un día, Jun'Ichi parece haber visto los sueños de otra persona cuando dormía. En ese sueño, una niña de su propia infancia apareció. Pero su hermana Nemu lo despierta, haciéndolo volver de golpe a la realidad. Aunque no son realmente hermanos (ella es adoptada) tienen una vínculo muy fuerte, tanto que a veces da la impresión de que fueran amantes.

Trata sobre un joven de escuela preparatoria llamado Shinichi Kudo, que un día mientras estaba en un parque de atracciones siguió a unos hombres vestidos de negro que estaban haciendo tratos ilegales. De pronto uno de ellos coge a Shinichi por la espalda, lo golpea con un bate y lo droga con una pastilla que en teoría lo llevaría a su muerte. Pero esa pastilla tenía unos efectos secundarios: en vez de morir, encoge. Allí es cuando Shinichi Kudo de 17 años pasa a ser Conan Edogawa, de 7 años, un niño con mente de un adulto que busca la única y sola verdad.

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.