Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.

Kiyo Takamine es un chico de 14 años muy habil y inteligente, un día recibe un regalo de su padre un niño llamado Zach Bell quien perdió la memoria y lleva consigo un libro rojo, muy pronto Kiyo descubrirá q Zach pertenece al mundo Mamodo y que fue enviado junto a otros 100 niños Mamodo para decidir el reinado. Así comienza la aventura donde Kiyo tendrá que ayudar a Zach a recobrar su memoria y ganar la batalla para convertirse en Rey.

Un joven llamado Ryo Utsugi sufre de hace tiempo una pesadilla: sueña que es un demonio que está en el Himalaya, y que mataba gente en la prehistoria. Él pertenece a un equipo de alpinismo, y en sus sueños ve unos asesinatos en serie, chicas jóvenes que les están arrancando el corazón. Ryou sufre un accidente de moto, pero se salva milagrosamente. Tras el accidente deja de sufrir las pesadillas, pero escucha y ve a las chicas que les arrancan el corazón pidiendo ayuda.

Makunouchi Ippo es un chico honrado y humilde, al que le gusta mucho ayudarle con sus deberes a su madre. Hasta el momento, no tenía ninguna meta u objetivo claro en la vida, pero mientras un día estaba siendo molestado por unos pandilleros, se encuentra con un campeón nacional de boxeo japonés, Mamoru Takamura, quien lo defiende de los abusones y lo regaña por lo patético que se ve al no defenderse. A partir de este punto Takamura le enseña el arte del boxeo profesional e Ippo se ve inspirado tras ello. La historia dará lugar a un nuevo campeón sin lugar a dudas.

La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente, y para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió, decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa en existencia: el Hiten Mitsurugi Ry?, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Seijuro Hiko , que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba, donde 3 hermanas lo habian adoptado como hermano menor. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ry?, Sanosuke, Yahiko y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia.