La serie se centra en Komoyi Araragi, un estudiante de tercer año de secundaria, quien trata de vivir su vida normal de nuevo tras haber sido un vampiro. Un día, una compañera de clase llamada Hitagi Senj?gahara,(quien tiene la fama de no hablar con nadie), se cae de las escaleras y aterriza en los brazos de Araragi El se percata de que Hitagi pesa muy poco para su estatura. Tras una charla con ella, Komoyi le ofrece su ayuda y le presenta a Meme Oshino, un hombre de mediana edad quien ayudo a nuestro protagonista a volver a ser humano. A lo largo de la serie Araragi comienza a conocer casos de otras personas que han tenido encuentros paranormales como los de el y decide ayudarles (curiosamente son puras chicas).

Después de los sucesos ocurridos en Bakemonogatari, para todos llega una época de cambio, sin embargo, eso no implica que las excentricidades dejen de hacer lo suyo. Karen y Tsukihi Araragi, las hermanas de Koyomi, serán quienes se vean involucradas esta vez con extrañas criaturas. Karen será envenenada por una "abeja", mientras que Tsukihi se verá en peligro debido a que es la reencarnación de un fénix. En esta ocasión, varios especialistas en excentricidades se acercarán a ellas para intentar hacerles daño y Araragi y Shinobu deberán protegerlas a toda costa.

Primera parte de Nekomonogatari: Durante la Golden Week, Tsubasa Hanekawa, una chica de 17 años, ha tenido una experiencia sobrenatural, un encuentro con Nekomata, la tranquilidad que aparenta la representante de la clase, es un contraste de lo que ocurre con la relación actual con su familia, los hechos ocurridos la cual la llevan a enredarse con este ser sobrenatural, Koyomi Araragi se verá envuelto en estos hechos, los cuales con la ayuda de Oshino Meme, y la intervención de Oshino Shinobu, intentaran librar a la representante de la clase de ese ser la cual la ha poseído.

Cuenta 12 historias cortas que narran doce meses en la vida de Koyomi Araragi, quien comienza un nuevo semestre después de un encuentro entre el protagonista y una vampiresa durante las vacaciones de verano, y que finalizará con sus exámenes para acceder a la universidad.

La historia gira en torno a Kobayashi, una oficinista normal y corriente que lleva una vida aburrida y solitaria en su pequeño departamento, hasta que un día, le salva la vida a una dragona en peligro. La dragona, llamada Tohru, tiene la habilidad de transformarse mágicamente en una adorable chica humana (aunque con cuernos y una larga cola), que hará cualquier cosa para devolverle el favor a Kobayashi, incluso proclamarse a si misma como su sirvienta. Viviendo junto a una persistente pero amorosa dragona como compañera de piso, la vida normal de Kobayashi está a punto de irse al garete.

Shougo Mikadono, hijo de un magnate empresarial fallecido. Como última voluntad, el padre de Shougo le puso una condición al muchacho para heredar toda su fortuna: que encontrase pareja en el instituto. Mikadono entonces entra en un nuevo instituto con la intención de cumplir dicha condición, aunque por el camino descubre que tiene una hermana gemela de la que le separaron al nacer. Shougo no tiene ni idea de cómo es su hermana, pero resulta que la muchacha va al mismo instituto al que él se ha apuntado.

Una chica llamada Mitsuki Kanzaki vive con su hermanastro Yuya una vez que su madre se vuelve a casar. Un día, Mitsuki es poseída por el espíritu de lo que dice ser una joven chica, Hiyori Kotobuki. Hiyori, en el cuerpo de Mitsuki, tendrá que enamorarse de Yuya para poder avanzar e ir a las puertas del cielo.

Takamiya Honoka es un estudiante normal cuyo único problema es sentarse junto a Kagari Ayaka, la belleza número uno de la escuela. Nunca han tenido una conversación y cualquier tipo de interacción entre ellos resulta en que su grupo de fans le den una paliza. Sin embargo, cuando una parte del edificio de la escuela está a punto de enviarlo a la otra vida, es Kagari quien lo rescata. Lo único es que... está vestida como una bruja, cargándolo en sus brazos y flotando en una escoba. Kagami le dice que es su misión protegerlo y que ahora puede hacerlo abiertamente en vez de hacerlo a escondidas.

10 años antes de lo eventos de Fate/Stay Night, toma lugar la cuarta Guerra del Santo Grial, Emiya Kiritsugo, aliado con la familia Einzbern, recibe la funda de la espada sagrada e invoca al servant Saber, decidido a eliminar a sus enemigos y alcanzar el Grial.

Cada 10 años se lleva acabo un ritual, una guerra entre 7 magos escogidos por una fuerza omnipotente, cuyo objetivo es invocar el "Santo Grial" y que este le conceda al vencedor un unico deseo que sera realizado sin importar lo que se pida. Para luchar los magos seran provistos de un Sirviente (Servant) que es un Espiritu Heroico (Espiritus que en vida fueron grandes Heroes) invocado unicamentre gracias al poder del Santo Grial. Shiro Emiya fue salvado de un inmenso incendio 10 años atras por un mago llamado Kiritsugi Emiya, posee muy poco talento para la magia pero se ve involucrado en la nueva guerra y su servant es invocado de manera poco convencional, confundido, decide participar de la lucha con la determiancion de detener esta locura como de lugar, su servant es abrumadora, elegante y muy noble, se enamora inevitablemente, durante las luchas el determinara el destino de esta especial mujer.

La historia es una versión alternativa de la Fate / stay historia de la noche que comienza poco después de la primera pelea contra Saber y Lancer. Este argumento da Archer un papel más activo, y desarrolla un romance entre Shiro y Rin, en lugar de Shiro y Saber.