Después de los sucesos ocurridos en Bakemonogatari, para todos llega una época de cambio, sin embargo, eso no implica que las excentricidades dejen de hacer lo suyo. Karen y Tsukihi Araragi, las hermanas de Koyomi, serán quienes se vean involucradas esta vez con extrañas criaturas. Karen será envenenada por una "abeja", mientras que Tsukihi se verá en peligro debido a que es la reencarnación de un fénix. En esta ocasión, varios especialistas en excentricidades se acercarán a ellas para intentar hacerles daño y Araragi y Shinobu deberán protegerlas a toda costa.

Situada después de Nisemonogatari, esta temporada cuenta con 5 historias -contadas en 6 libros-, cada una dedicada a cada amiga de Araragi: Hanekawa enfrentará a sus propios miedos personificados por una entidad que parece tener el poder y la determinación de destruir su vida entera. Araragi y Shinobu viajarán en el tiempo para intentar salvar a Mayoi de la muerte, pero se encontrarán con un gran y drástico cambio debido a su ausencia. El mundo ha sido destruido y el Kaii Killer habrá sumido todo en la destrucción total. Nadeko se entera que Araragi tiene novia. Su furia la llevará a involucrarse por sí misma con un dios para vengarse y reprimir sus sentimientos a la fuerza. Araragi estará en peligro de muerte y Hitagi está dispuesta a hacer lo que sea para salvar su vida. Mayoi es perseguida por un extraño ser conocido como Kuroyami, Shinobu nos narra la historia de cuando pretendió ser un dios y de cómo creó a su primer sirviente hace 400 años. Kanbaru, quien creía estar totalmente alejada del incidente del brazo de demonio, es arrastrada a un problema mucho más grande: Akuma-san está recolectando todas las partes de aquel demonio y debe ser detenido antes de que sea demasiado tarde. Historias con giros y desarrollos increíbles serán narrados en la segunda parte de esta serie, al final de la cual sólo quedará la pregunta: ¿habrán sido todas estas desgracias una mera coincidencia, una tras otra?

La serie se centra en Komoyi Araragi, un estudiante de tercer año de secundaria, quien trata de vivir su vida normal de nuevo tras haber sido un vampiro. Un día, una compañera de clase llamada Hitagi Senj?gahara,(quien tiene la fama de no hablar con nadie), se cae de las escaleras y aterriza en los brazos de Araragi El se percata de que Hitagi pesa muy poco para su estatura. Tras una charla con ella, Komoyi le ofrece su ayuda y le presenta a Meme Oshino, un hombre de mediana edad quien ayudo a nuestro protagonista a volver a ser humano. A lo largo de la serie Araragi comienza a conocer casos de otras personas que han tenido encuentros paranormales como los de el y decide ayudarles (curiosamente son puras chicas).

Primera parte de Nekomonogatari: Durante la Golden Week, Tsubasa Hanekawa, una chica de 17 años, ha tenido una experiencia sobrenatural, un encuentro con Nekomata, la tranquilidad que aparenta la representante de la clase, es un contraste de lo que ocurre con la relación actual con su familia, los hechos ocurridos la cual la llevan a enredarse con este ser sobrenatural, Koyomi Araragi se verá envuelto en estos hechos, los cuales con la ayuda de Oshino Meme, y la intervención de Oshino Shinobu, intentaran librar a la representante de la clase de ese ser la cual la ha poseído.

La historia está centrada en la “Hakone Ekiden”, una de las mayores carreras de relevos universitarias de todo Japón. Se celebra cada año los días 2 y 3 de enero, yendo de Tokio a Hakone y de vuelta, sumando un recorrido de casi 218 kilómetros. Una amistad entre dos atletas les ayudará a regresar al deporte que tanto aman y crear un equipo para carreras de larga distancia.

Fuutarou Uesugi es un estudiante de segundo año de preparatoria/instituto cuya familia siempre ha sido muy pobre. Un día recibe una suculenta oferta de trabajo como tutor a medio tiempo... ¡pero sus estudiantes resultan ser unas chicas de su propia clase! Para complicar más las cosas, son quintillizas... Las cinco hermanas son todas muy atractivas, pero no es lo único que tienen en común: todas odian estudiar y sus calificaciones siempre están al límite de la catástrofe. Tendrá que conseguir que las cinco estudien, pero primero tendrá que estudiar él cómo ganarse su confianza.

Iwatani Naofumi es el típico otaku, al menos hasta que un día encuentra en la biblioteca un libro que lo transporta a otro mundo. Allí se convertirá en el Héroe del Escudo, uno de los Cuatro Héroes Cardinales, y tendrá que luchar contra las Olas de la Catástrofe junto a los héroes de la espada, la lanza y el arco. Emocionado ante la perspectiva de vivir una gran aventura, Naofumi parte de viaje con su grupo. No obstante, al cabo de unos pocos días lo traicionan y pierde su dinero, su dignidad y el respeto de los que le rodean.

Natsuo es un chico de preparatoria que está perdidamente enamorado de su alegre y popular maestra llamada Hina. Sin embargo, un día en una reunión conoce a una chica malhumorada llamada Rui y termina durmiendo con ella. Poco después, el padre de Natsuo le dice que se casará de nuevo con una mujer que tiene 2 hijas, para sorpresa de Natsuo las hijas resultan ser Hina y Rui.

Yuuta Togashi, un chico que solía sufrir de "chuu-2 byou" y Rikka Takanashi, que todavía tiene el síndrome, formarán un vínculo verdadero entre ambos, es decir, que comenzarán a salir. Se encuentran disfrutando de la vida, o al menos deberían. Sin embargo, Satone Shichimiya, o "Sophia Ring SP Saturn VII" como le gusta que la llamen, una amiga de Togashi y que sufre del "chuu-2 byou" como nadie, aparece de repente y pone patas arriba la vida del muchacho. Así comenzará la batalla entre "Saturn" y "Jaou Shingan".

Itsuka Shidou es un estudiante de instituto que, durante las vacaciones, vive en primera persona un suceso sin igual. Ante él aparece una chica con armadura, que destruye la ciudad que tiene delante. La chica responde ante el nombre de Tooka, y según la hermana de Shidou, es un espíritu (?seirei?, 精霊), los cuales causaron un terremoto espacio-temporal 30 años atrás. La hermana de Shidou revela que su verdadera identidad es la de la líder de la organización Ratatosk y le cuenta a Shidou que la única manera que tienen de salvar el mundo es hacer que Tooka se acabe enamorando de él y tengan una cita.

Hideki Motosuwa, quien decide abandonar el campo e irse a estudiar en Tokio para luego ir a la universidad, vive en un tiempo en el que las computadoras personales han sido desarrolladas para parecer y desempeñar funciones humanas, siendo llamadas como "Persocon". En su primer día, encuentra una de ellas tirada en la basura, tras lo cual se la lleva a su apartamento. Tras descubrir que es un modelo ‘especial’, denominado como Chobit, tiene descubrir su naturaleza a medida que se enfrenta a problemas comunes de adolescentes.

Mientras miraba las noticias, Takemichi Hanagaki se entera de que su novia de secundaria, Hinata Tachibana, ha muerto. La única chica que alguna vez se fijó en él fue asesinada por un grupo de criminales conocidos como la Banda Tokyo Manji. Takemichi vive en un viejo departamento con delgadas paredes, y en su trabajo, su jefa seis años menor que él lo trata como basura. Para rematar, es un completo virgen… En la cúspide de la miseria de su vida, de repente vuelve en el tiempo doce años a sus días de secundaria. Para salvar a Hinata y cambiar el curso del tiempo, ¡el alguna vez inútil trabajador de medio tiempo Takemichi deberá buscar volverse el líder de la banda criminal más tenebrosa de Tokio!