En el período de la larga guerra civil en Japón, el territorio está dividido en distintas provincias con un régimen semi-independiente de gobierno, regidas por los señores feudales que se enfrentan unos a otros en una lucha interminable por el poder y conquistar territorios. Estos señores de la guerra se alzaron en todos los rincones del archipiélago, creando una situación de guerra continua. Algunos de los líderes que se enfrentaron fueron: Takeda Shingen y Sanada Yukimura en Kai, Uesugi Kenshin en Echigo, Azai Nagamasa en Oumi, Honda Tadakatsu y Tokugawa Ieyasu en Mikawa, etc. Peero, un hombre parece estar a solo un paso de establecer un control total sobre el país, el Sexto Rey Demonio, Oda Nobunaga de Owari. Sin embargo, aparece un nuevo personaje en el escenario del conflicto, Date Masamune, el ?Dragón de un solo Ojo?, un joven general de las provincias del Norte. Sus objetivos son claros, la cabeza de Oda Nobunaga y conseguir el control por el clan Date.

La historia se ambienta en una ciudad de estudiantes superhumanos científicamente avanzados y en un mundo donde la magia es real. La mano derecha de Toma Kamijo, el ?Imagine Breaker? negará toda la magia, poderes divinos o mentales, pero no su propia suerte. Un día encuentra una chica joven colgando de su balcón que resulta ser una monja de la iglesia de Inglaterra en cuya mente ha sido implementado el índice ?Librorium-Prohibitorum?, es decir, todos los libros y textos sobre magia que la iglesia quitó de la circulación.

Cada 10 años se lleva acabo un ritual, una guerra entre 7 magos escogidos por una fuerza omnipotente, cuyo objetivo es invocar el "Santo Grial" y que este le conceda al vencedor un unico deseo que sera realizado sin importar lo que se pida. Para luchar los magos seran provistos de un Sirviente (Servant) que es un Espiritu Heroico (Espiritus que en vida fueron grandes Heroes) invocado unicamentre gracias al poder del Santo Grial. Shiro Emiya fue salvado de un inmenso incendio 10 años atras por un mago llamado Kiritsugi Emiya, posee muy poco talento para la magia pero se ve involucrado en la nueva guerra y su servant es invocado de manera poco convencional, confundido, decide participar de la lucha con la determiancion de detener esta locura como de lugar, su servant es abrumadora, elegante y muy noble, se enamora inevitablemente, durante las luchas el determinara el destino de esta especial mujer.

Los espíritus de los héroes legendarios que lucharon por la unificación de China en la era de los tres reinos se encuentran sellados dentro de antiquísimas gemas y esparcidos por todo Japón. Estas gemas conocidas como "magatamas", tienen la capacidad de despertar el enorme poder dormido que hay en las reencarnaciones de los antiguos héroes chinos, hombres y mujeres con apetito insaciable de combate y que se llaman a sí mismos "guerreros". La hermosa Hakufu Sonsaku es una de estos guerreros, y ha vivido toda su vida aislada en las afueras de la ciudad, entrenando con su madre y reprimiendo su deseo de pelear. Pero ha llegado el día en que Hakufu debe abandonar su hogar, mudarse a Tokyo para comenzar a estudiar en un instituto repleto de guerreros, y así cumplir su destino inmortal...