Trata sobre un joven de escuela preparatoria llamado Shinichi Kudo, que un día mientras estaba en un parque de atracciones siguió a unos hombres vestidos de negro que estaban haciendo tratos ilegales. De pronto uno de ellos coge a Shinichi por la espalda, lo golpea con un bate y lo droga con una pastilla que en teoría lo llevaría a su muerte. Pero esa pastilla tenía unos efectos secundarios: en vez de morir, encoge. Allí es cuando Shinichi Kudo de 17 años pasa a ser Conan Edogawa, de 7 años, un niño con mente de un adulto que busca la única y sola verdad.
Taito Kurogane, estudiante de instituto que practicó karate hasta que una lesión le impidió continuar. Él conoció en su niñez a Saitohimea, una chica con quien prometió estar siempre juntos, aunque sus recuerdos terminaron por borrarse cuando fueron atacados por un poderoso hechicero que capturó a Saitohimea para poder hacer uso de los poderes de ésta. Taito terminará por morir en un accidente y al volver en sí, su sangre le traerá de nuevo aquella promesa, junto con una habilidad que lo hace prácticamente inmortal, la cual deberá poner a prueba si quiere recuperar a Saitohimea.
Kajika Burnsworth tiene 14 años y es hija de el poderoso empresario Harry Burnsworth, el cual le propone comenzar un juego para encontrar esposo, en el cual tiene que conocer a tres hombre preseleccionados por su padre. Kajika termina sintiendo afecto por cada uno de los 3 hombres, haciendolos parte de su vida.
Cuando Hina-chan se enamora de Koyuki Ayase en la escuela, su falta de valor hace que él se gradúe y vaya a preparatoria sin saber sus sentimientos. Pero cuando llega el momento de escoger, Hina decide que irá a la preparatoria de su antiguo senpai para declararle su amor.
La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?
