Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Senou Natsuru es un estudiante normal de secundaria. Sin embargo, ha sido elegido para ser un Kampfer, cuyo objetivo es luchar contra otros Kampfers con armas, espadas o magia, pero hay una condición, primero; no se puede elegir si se es o no un Kampfer, y segundo; tienes que tener el cuerpo de una chica para usar tus poderes.
La historia gira en torno a Yuu y Haruka, dos amigas que han sido inseparables desde la secundaria, pero que se verán cruelmente separadas en el instituto. Para su mala fortuna, los asientos que les asignaron están en lados opuestos del salón de clase y, forzadas a pasar más tiempo con sus nuevos compañeros que las rodean, deciden compartir algo que haga que su relación siga siendo especial a pesar de las mesas y sillas que las separan, un beso.
La historia sigue la vida de Taihei y su hermana menor Umaru, quien es bastante bella y le va bien tanto en el apartado académico como en los deportes. Pero este aparente perfecto personaje tiene un secreto.
