La historia transcurrirá seis años después de los sucesos de Chaos;Head, con la cual tendrá relación. El 6 de noviembre de 2009 en Shibuya ocurrió un terrible terremoto de 7.8 grados en la escala de Richter. Las bajas mortales llegaron a la friolera de 3.851 muertos. En 2015, una nueva historia comienza en Shibuya.

La historia gira en torno a Kobayashi, una oficinista normal y corriente que lleva una vida aburrida y solitaria en su pequeño departamento, hasta que un día, le salva la vida a una dragona en peligro. La dragona, llamada Tohru, tiene la habilidad de transformarse mágicamente en una adorable chica humana (aunque con cuernos y una larga cola), que hará cualquier cosa para devolverle el favor a Kobayashi, incluso proclamarse a si misma como su sirvienta. Viviendo junto a una persistente pero amorosa dragona como compañera de piso, la vida normal de Kobayashi está a punto de irse al garete.

La historia gira en torno a Kobayashi, una oficinista normal y corriente que lleva una vida aburrida y solitaria en su pequeño departamento, hasta que un día, le salva la vida a una dragona en peligro. La dragona, llamada Tohru, tiene la habilidad de transformarse mágicamente en una adorable chica humana (aunque con cuernos y una larga cola), que hará cualquier cosa para devolverle el favor a Kobayashi, incluso proclamarse a si misma como su sirvienta. Viviendo junto a una persistente pero amorosa dragona como compañera de piso, la vida normal de Kobayashi está a punto de irse al garete.

La historia de Strawberry Panic se centra en un mundo de mujeres, Astraea Hill. Aoi Nagisa ha sido trasladada a St. Miator's Girls' Academy, una escuela que comparte el campus y los dormitorios con otras dos academias: St. Spica's Girls' Institute y St. Lulim's Girls' School. Al llegar, se da cuenta de lo fascinante que es su nueva escuela y de inmediato se siente atraida por la seducción de la Etoile de Astraea Hill (Shizuma Hanazono). Conforme se desarrolla la historia, Nagisa descubre más sobre el colegio, sus compañeras y la triste historia que esconde Shizuma tras su amable y conquistadora sonrisa.

La historia gira en torno a Kizuna Hida, que visita la academia de defensa estratégica Ataraxia a petición de su hermana mayor. Allí conoce a Aine Chidorigafuchi, una chica que pilota la armadura mágica Zerosu. De repente, Aine se desnuda delante de Kizuna. “¡No mires, pervertido!” le dice Aine, a lo que el protagonista contesta “¡No, eres tú!”. Sin embargo, una comunicación sobre una misión importante llega de la hermana mayor de Kazuna. Esta misión es… frotar los pechos de Aina. De hecho, Kizuna resulta tener el poder de aumentar el nivel de una chica de esa forma. Con una batalla que les enfrentará a otro mundo, el futuro depende de su poder.

Jun es una chica que se ha quedado sin habla. Hace tiempo fue una chica muy feliz, pero debido a cierta cosa que dijo cuando era muy joven, su familia quedó destrozada. Un día, apareció una hada que le quitó la habilidad para hablar para que no hiciese daño a nadie más. Desde esa traumática experiencia, Jun vive en las sombras, alejada de los centros de atención. Pero un día, es nominada a convertirse en miembro ejecutivo del consejo de la comunidad. Y además de esto, Jun también es la elegida para interpretar a la protagonista de su musical...

En un mundo en el que youkais y humanos pueden coexistir e incluso enamorarse entre ellos, muchos youkais ven como sus humanos amados mueren antes que ellos debido a que tienen una esperanza de vida mucho más corta. Cuando un humano renace, los recuerdos de su vida anterior desaparecen, pero entre los youkai se ha hecho cada vez más popular el rumor de la existencia de cierto "servicio" especial para evitar eso. Este "servicio" lo proporcionan los Fox Spirit Matchmakers, quienes pueden hacer que el ser amado de cualquier youkai recupere sus recuerdos de su vida anterior y así continuar juntos con su amor. Esta es la historia de un joven Fox Spirit Matchmaker que intenta hacer feliz a la gente y difundir el amor ayudando a recuperar recuerdos perdidos.

Kyo Mekui es un chico que suele saltarse las clases debido a un trauma de su pasado y cuyo gran pasatiempo es componer canciones con un sintetizador de voz. Un día, tres chicas muy peculiares y distintas entre sí se ponen en contacto con él para que les ayude en sus aspiraciones musicales.

La “fantasía intelectual” sigue a Kureha, una “trasparente” chica de preparatoria que es sencilla y apenas notada por los demás. Aparentemente cada noche, ella tiene un sueño sobre “un oso y una tormenta trasparente.” En este sueño, su misteriosa compañera de clase Ginko Yurishiro aparece con la forma de un oso.