La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?
"Boku dake ga Inai Machi" es una serie de ciencia ficción que cuenta la historia de Satory Fujinuma, un autor de manga sin mucho éxito que sufre de un peculiar fenómeno conocido como Resucitación en el cual se transporta a la fuerza atrás en el tiempo hasta el momento anterior de que ocurra algo que supone un peligro para una vida. Satoru no tarda en descubrir que el fenómeno persiste hasta que la causa de la amenaza desaparece.
"¡Juro que hoy sí lograré avergonzar a Takagi-san!". Nishikata es un estudiante de secundaria a quien su compañera y vecina en clase, Takagi-san, no deja de molestar y avergonzar en todo momento.Él intenta vengarse día tras día de ella, pero Takagi siempre parece ir un paso por delante. ¿Logrará hacer que sea ella la que se avergüence algún día? ¡La batalla de voluntades de juventud entre Nishikata y Takagi da comienzo!
Nadeshiko es una estudiante de preparatoria que se ha mudado de Shizuoka a Yamanashi y que decide ir a ver el famoso Monte Fuji que aparece en los billetes de mil yenes. Aunque consigue llegar en bicicleta hasta Motosu, se ve obligada a volver atrás debido al mal tiempo. Habiendo sido incapaz de poder ver con sus propios ojos su objetivo, acaba desmayándose. Cuando despierta ya es de noche y está en un sitio que no reconoce y no sabe cómo regresar a casa. Por suerte Nadeshiko se encuentra con Rin, una chica que está acampando ella sola y quien la salva.
Como un niño obeso, Makabe Masamune sufrió del implacable acoso y la burla de una chica en particular, Aki Adagaki. Decidido a vengarse algún día de ella, comienza con un riguroso régimen de superación y transformación personal. Años más tarde, resurge como un hombre nuevo: atractivo, popular, con notas perfectas y bueno en los deportes. Masamune se matricula en el mismo instituto de Aki, dispuesto a hacerle pagar por todas las humillaciones que sufrió años atrás. Pero ¿será la venganza tan dulce como él pensaba?
El protagonista de esta historia, Yuu Haruna, un chico al que le encanta usar Twitter, acaba de mudarse a la ciudad con sus hermanas después de que sus padres se marchasen al extranjero por motivos de trabajo. Una noche, mientras sale a comprar la cena, se topa con una misteriosa chica, llamada Fuuka Akitsuki, la cual le rompe su teléfono creyendo que iba a fotografiarle su ropa interior. Así da inicio un encuentro que cambiará sus vidas.
En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.
