Uramichi Omota es un hombre de 31 años que tiene dos caras. Por un lado está el joven al cargo de los ejercicios físicos de un programa educativo. Aunque en el programa parece siempre animado, en realidad es algo inestable, mostrándonos la historia las partes más amargas de la vida de un joven adulto.
Las chicas que asisten a la academia de artes Kouka interpretan todas las partes de un teatro musical, sean mujeres u hombres. Ai Narada es una ex-idol hastiada que interpreta papeles femeninos mientras que su compañera, Sarasa Watanabe, es una chica proveniente de una zona rural que interpreta papeles masculinos. Desde la escuela hasta el escenario y el resto de sus vidas, no hay desafío que estas chicas no puedan enfrentar con su pasión por la interpretación.
El mundo estuvo cerca de ser destruido por Desesperación Definitiva, quien causó "los más grandes, los más terroríficos, los más trágicos eventos en la historia humana."Para salvar a este mundo de los eventos de caes, la Fundación Futuro fue creada. Aunque la organización continua sus actividades para restaurar el mundo, Makoto Naegi bajo sospecha de traición debido a que protege a un sobreviviente de la Desesperación. Los miembros de la Fundación Futuro se reúnen para decidir su castigo, pero todos ellos terminan atrapados dentro del lugar donde se encontraron con Monokuma, quien demanda el inicio del "Asesinato Final." Ellos tienen extraños brazaletes en sus muñecas, y les dan tranquilizantes cuando un cierto tiempo llega. Para empeorarlo, aparentemente hay un traidor real dentro de ellos, que vino a matar a los miembros de la Fundación Futuro. En este juego donde las pruebas de clase no existen, la única forma de encargarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi es forzado a enfrentar el juego a muerte definitivo, donde es matar o ser matado. Una historia de desesperación donde la esperanza asesina la esperanza inicia.
La Academia Pico de Esperanza es una escuela especial, reconocida por el gobierno, fue establecida para reunir a los estudiantes élites en excelencia en distintos campos. Esta escuela tiene dos cursos: El curso principal, y el curso de preparatoria. Cualquiera con dinero puede entrar al curso de preparatoria, incluso si no tienen habilidades especiales. La clase 77 del curso principal está lleno de estudiantes que no solo tienen habilidades únicas, si no también personalidades únicas. Sin embargo, los estudiantes aprenden que "El talento no es lo más importante en la vida; si no involucrarse con gente y hacerte mejor persona haciendo recuerdos". Pero, aunque saben que es un misterioso proyecto, la discriminación de los cursos suceden bajo sus narices. Hajime Hinata, es un chico de preparatoria que ansía una habilidad. Una reunión predestinada conduce el futuro de la escuela a una dirección inimaginable. Esta es la historia de lo sucedido durante " La más grande, la más terrorífica, y más trágicos eventos en la historia humana." Esta es una historia que termina en desesperación.
El protagonista de la historia es James Moriarty, el famoso antagonista de la serie Sherlock Holmes de Sir Arthur Conan Doyle. En el manga, es un huérfano que asume el nombre de William James Moriarty cuando él y su hermano menor son adoptados en la familia Moriarty. Cuando es adulto, busca eliminar los males causados por el estricto sistema de clases de Inglaterra.
La historia se centra en el increíblemente rico Kambe Daisuke, quien es un detective que se encarga de resolver casos de la manera más poco convencional. Aunque la novela de Tsutsui se publicó entre 1975 y 1977, el anime se desarrollará en la era moderna. Kambe es asignado a la “Unidad de Combate de Crímenes Modernos”, una unidad que, de hecho, fue creada para apartar a los oficiales problemáticos de los demás. Allí, Kambe se hace compañero de Kato.
Todo el mundo ve a Hanabi y Mugi como una bonita pareja con una conducta excelente. Sin embargo, tras su relación aparentemente perfecta se esconde un secreto que no le pueden contar a nadie...
Todo comenzó con la muerte de uno de los miembros del Club de Astronomía. A partir de esto, el rumoreado fantasma del club cobró vida. Ganta Nakami, insomne y gruñón, se encuentra con Isaki Magari, moderadamente rebelde pero fácil de llevar, en el observatorio abandonado del Club de Astronomía. Magari se despierta de golpe y trata de escapar del lugar, pero una puerta rota se lo impide, obligando a ambos a quedarse dentro. Los dos forjan una improbable amistad, lo que les lleva a utilizar el observatorio como un espacio seguro para relacionarse. Sigue el tiempo de los insomnes Nakami y Magari en el observatorio estelar mientras se ayudan mutuamente a sobrellevar el insomnio y los efectos duraderos que tiene en la vida estudiantil.
Kobato decide convertirse en un ciudadano honrado tras vivir una dura experiencia conocida como "trabajo de sabiduría". Hace un pacto con Osanai, una compañera de clase con el mismo objetivo, y su plan es empezar la preparatoria de forma que tengan una vida tranquila. Sin embargo, sin saber por qué, a su alrededor no dejan de producirse hechos inexplicables y desastres. ¿Podrán Kobato y Osanai llevar las vidas tranquilas y pacíficas que tanto desean?