La historia es sobre dos amigas de la infancia: aoi, quien prefiere estar en su hogar y tiene acrofobia(miedo extremo a las alturas) y hinata, una chica que ama las montañas. Las 2 deciden escalar una montaña para ver el amanecer desde su punta como lo hicieron una vez cuando eran chicas.

Riki Naoe, un huérfano que pasó los días de su juventud junto a sus cuatro mejores amigos, formando el grupo de los Little Busters!, que se pasaban el día gamberreando y jugando. El líder del grupo es Kyousuke Natsume, un hombre capaz de convertir cada tarea de la vida en una misión a vida o muerte. A éste lo sigue su hermana Rin, una amante de los gatos y muy tímida al relacionarse con otras chicas, Masato, un cabezahueca fan de los músculus, Kengo, el punto de seriedad del grupo, y el propio Riki. Ahora, los Little Busters! se han hecho mayores y todos están en segundo de bachiller, menos Kyousuke, que está en tercero, y para aprovechar sus últimos días de juventud juntos dedicen montar un club de béisbol.

s invierno en la gran ciudad de Yanagihara, y los jóvenes se encuentran y se enamoran. Takashi es un muchacho que los planea, para escapar a otro mundo, pero se ve limitado por los pensamientos de Kobato su hermana menor y su novia Asuka. Shusuke es una zona pobre del temporizador que tiene que trabajar con Hiyoko estudiante-autor, a pesar de su disgusto inicial, uno para el otro. Los antisociales Hayato se gana la vida haciendo chapuzas hasta que es visitado por una niña de nombre Naru.

La historia se sitúa en Agosto de Showa 58 (dos meses tras lo sucedido en el Matsuribayashi-hen). Rika Furude es atropellada por un camión y despertará en una Hinamizawa irreconocible para ella, donde Satoshi no ha desaparecido, Keiichi nunca llega, los padres de Rena no se han divorciado y los padres de Rika no han sido asesinados... es decir, un kakera donde todos son felices, sin embargo, Hanyuu no aparece y el proyecto de la presa del Showa 54 se llevó a cabo sin incidentes y en unos pocos meses Hinamizawa será sumergida. En busca de Hanyuu, Rika entra en el templo de los Furude donde se encuentra una pequeña esfera a través de la cual se comunica con Hanyuu, y ésta la explica que se encuentra en un kakera al cual no puede acceder siendo la única manera para regresar al kakera anterior asesinar a su madre. Rika tendrá que elegir entre vivir en un kakera sin pecados al cual Hanyuu no puede acceder o matar a su madre y volver al mundo que tantos años la costó crear.

La historia se ambienta en una ciudad de estudiantes superhumanos científicamente avanzados y en un mundo donde la magia es real. La mano derecha de Toma Kamijo, el ?Imagine Breaker? negará toda la magia, poderes divinos o mentales, pero no su propia suerte. Un día encuentra una chica joven colgando de su balcón que resulta ser una monja de la iglesia de Inglaterra en cuya mente ha sido implementado el índice ?Librorium-Prohibitorum?, es decir, todos los libros y textos sobre magia que la iglesia quitó de la circulación.

Los espíritus de los héroes legendarios que lucharon por la unificación de China en la era de los tres reinos se encuentran sellados dentro de antiquísimas gemas y esparcidos por todo Japón. Estas gemas conocidas como "magatamas", tienen la capacidad de despertar el enorme poder dormido que hay en las reencarnaciones de los antiguos héroes chinos, hombres y mujeres con apetito insaciable de combate y que se llaman a sí mismos "guerreros". La hermosa Hakufu Sonsaku es una de estos guerreros, y ha vivido toda su vida aislada en las afueras de la ciudad, entrenando con su madre y reprimiendo su deseo de pelear. Pero ha llegado el día en que Hakufu debe abandonar su hogar, mudarse a Tokyo para comenzar a estudiar en un instituto repleto de guerreros, y así cumplir su destino inmortal...