Una historia cómica de 2 personajes principales, Louis y Saito. La aventura recomienza cuando Saito, quien habia luchado contra el ejercito de los 1000 hombres, regreso a la vida luego de una ardua batalla. Tras desconocer los detalles de su milagrosa resurreción la reina les encomienda una expedición para encontrar la misteriosa fuente de la vida. Al encontrarse con milagrosa fuente se descencadenan hechos que darán comienzo a una emocionante e ironica historia.

Zero no Tsukaima: Futatski no Kishi, Continua exactamente donde termino la anterior temporada. Louise continúa siendo la Noble que trata a Saito como un animal, mientras el sigue siendo exactamente igual o peor. De hecho, la cosa parece empeorar desde que Saito parece tener comportamientos pervertidos con cualquier chica que ve excepto con Louise, y por esto ella se vuelve mas frustrada y celosa provocando momentos y situaciones con un extremo contenido cómico.

Makoto Itou es un estudiante de secundaria que se ha enamorado de una chica que vió en el tren, su nombre es Kotonoha Katsura. Makoto se sienta en clase al lado de Sekai Saionji, quien se da cuenta de su amor por Kotonoha y decide ayudarle a conquistarla. Sekai consigue unirlos, pero se da cuenta de que a ella también le gustaba Makoto y en la parada del tren, antes de marcharse le besa. La historia trata sobre éste triángulo amoroso y demás historias de los compañeros de clase.

La trama se desarrolla en un mundo donde existe la magia y existe algo de desigualdad social entre la gente que puede realizar magia y la que no, este mundo se asemeja mucho al mapa Europeo por la zona de Inglaterra, Francia, España, Alemania... en el mismo se aprecia que no existe tecnología sobresaliente más allá del siglo XIX. La gente se transporta a caballo, carrozas y en unos extraños barcos que vuelan.Hay seres mitológicos como duendes, elfos, dragones, ogros y por supuesto magos los cuales pueden manejar diferentes elementos (el fuego, el agua, el viento y la tierra). Nuestra protagonista es una maga de nombre Louise Françoise Le Blanc de La Vallière, también llamada por sus compañeros en la academia de magia "Louise la Cero", debido a que ella no es capaz de realizar algún hechizo sin que pase algo.

La historia comienza con Yukinari, un estudiante como cualquier otro, con la única diferencia que siempre ha sido más bajo de estatura que los demás de su edad y a causa de eso las mujeres siempre lo han tratado mal; por este motivo, desarrolló una ginefobia (fobia a las mujeres) por lo que si las mujeres lo tocan, le sale urticaria (algun tipo de alergia en la piel). La vida de Yukinari cambiará completamente cuando por casualidades de la vida viaja a través de la bañera de su casa hasta otro planeta llamado Seiren donde se encuentra con Miharu quien es la única mujer a la que realmente puede tocar sin sufrir de urticaria (y que además es de su estatura), Seiren es un planeta donde el 96% de la población son mujeres y los hombres son muy disputados. Yukinari pasa muy poco tiempo en este planeta y retorna a la tierra, para su sorpresa Miharu viaja con él de regreso. Esto cambiara la vida de Yukinari junto a sus amigos.

Esta comedia romántica y de acción gira en torno a Takeru Ooyama, un joven estudiante quien se acaba de matricular en un instituto de élite. Takeru accedió a la academia sin pasar por ningún examen de ingreso. Más tarde, descubrirá que los alumnos de dicho centro educativo lucharán entre sí ayudados por un misterioso poder, denominado Maken. Takeru ingresará en el consejo de estudiantes y formará grupo con Kodama, una misteriosa chica que parece muy poderosa; Inaho, una chica que se auto-proclama su prometida y Haruko, una amiga de la infancia.