La trama se produce en un instituto dirigido a la fuerza por la presidenta del consejo de estudiantes Satsuki Kiryuuin. Todo cambiará cuando Ryuuko Matoi, una estudiante de transferencia que empuña una gran espada con forma de tijera “Basami”, comience a provocar un levantamiento en el campus.
En el futuro la gente que desarrolla ESP (poderes extrasensoriales) se han vuelto más comúnes. El gobierno japonés ha contratado a 3 de las mejores y más poderosas ESPers para que trabajen en B.A.B.E.L. (traducido: "Base Laboratorio de Respaldo de ESP"), sin embargo, son sólo niñas de 10 años que aún cursan primaria y, para empeorar las cosas, no tienen precisamente el comportamiento más recatado del mundo.
Despertando en un extraño mundo virtual sin recuerdos del pasado, Hakuno es forzado a luchar en una guerra por su supervivencia que no entiende, por un premio de un valor incalculable, la oportunidad de que un deseo le sea concedido. Con solo su enigmática "Servant" a su lado, Kishinami Hakuno tendrá que enfrentar tanto a amigos como enemigos hasta la muerte, no solo para obtener posesión de un misterioso objeto conocido como "Santo Grial", sino también para descubrir la respuesta a la pregunta más importante de todas: ¿Quién soy?
La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.
Un otaku de los mechas ve cumplido su sueño al morir en un accidente y reencarnarse en otro mundo como Ernesti Echevarria, o simplemente Eru. Pues aunque comienza una nueva vida, sigue recordando su pasión y hará todo lo posible para poder pilotar un Silhouette Knight, un robot que existe en su nueva realidad.
Trata sobre un joven de escuela preparatoria llamado Shinichi Kudo, que un día mientras estaba en un parque de atracciones siguió a unos hombres vestidos de negro que estaban haciendo tratos ilegales. De pronto uno de ellos coge a Shinichi por la espalda, lo golpea con un bate y lo droga con una pastilla que en teoría lo llevaría a su muerte. Pero esa pastilla tenía unos efectos secundarios: en vez de morir, encoge. Allí es cuando Shinichi Kudo de 17 años pasa a ser Conan Edogawa, de 7 años, un niño con mente de un adulto que busca la única y sola verdad.
"¿Dónde estoy...?". Sin recordar cómo, Kirito se ha sumergido en un nuevo mundo virtual de fantasía. Con apenas unos pequeños retazos de recuerdos sobre lo que ocurrió antes de entrar al juego, comienza a vagar por él buscando alguna pista. Finalmente llega a un enorme y oscuro árbol, el Cedro Gigas, donde conoce a un joven. "Me llamo Eugeo. Es un placer conocerte, Kirito". Aunque es supuestamente un habitante de ese mundo virtual, un mero NPC, el joven parece mostrar el mismo abanico de emociones que cualquier ser humano. Kirito forja amistad con Eugeo y continúa buscando la forma de salir de este mundo virtual. Es entonces cuando recuerda algo que ocultaba en su interior. Recuerda haber corrido por las montañas con Eugeo cuando solo era un niño... Un recuerdo imposible que no debería tener, y en ese recuerdo ve también a una niña de cabellos rubios: Alice. Ese es un nombre que nunca deberá olvidar...
