Hikari Tsutsui, un estudiante que se conforma con las chicas virtuales que encuentra en los animes y los videojuegos. No tiene muchos amigos y vive en su propio mundo. Pero un día, le obligan a limpiar la piscina junto a Iroha, una “chica real” muy linda y popular entre los chicos de su clase.

Un chico llamado Sôta Hatate tiene la habilidad de poder ver una especie de “bandera” o letrero sobre las cabezas de las personas, como si fueran personajes de una visual novel o de un videojuego de citas. Estas “Flags” marcan puntos críticos en las vidas de las personas en los que sus decisiones pueden determinar si consiguen un trabajo, una amistad, una victoria, enamorarse e incluso morir. Un día Sota pasa a estudiar en la prestigiosa Academia Hatagaya, en Tokio, pero en vez de vivir en la residencia estudiantil acaba viviendo bajo el mismo techo de cinco preciosas chicas.