La historia es acerca de Yuuki Rito, un muchacho de secundaria que no puede confesarse con la chica de sus sueños, Sairenji Haruna. Un día, cuando el regresó a casa y malhumorado, en la bañera, una misteriosa, chica desnuda, aparece de la nada. Su nombre es Lala y ella viene del planeta Deviluke, donde ella es la heredera al trono. Su padre quiere que ella vuelva a su planeta de origen, lo que le permite contraer matrimonio con uno de los candidatos a marido, pero ella decide que quiere casarse con Rito con el fin de permanecer en la Tierra.
Comienza un nuevo año en la secundaria, pero esta vez sucederá algo algo verdaderamente raro. Una misteriosa hermana menor de Moka vendrá para complicarle las cosas Tsukune y las demás. La serie comienza donde termino la primer temporada, luego de las vacaciones de primavera, en la cual volveremos a ver a todos los personajes de la primera en un nuevo ciclo lectivo en la academia de mounstros Youkai.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Esta es una secuela de las series de Naruto, la cual sigue la historia de Boruto el hijo de Naruto.
La aldea oculta de la hoja ha continuado su moderinización pero siempre manateniendo la paz. Carros eléctricos recorren toda la ciudad conectada por distritos llenos de rascacielos con enormes monitores mostrando todo tipo de imágenes. En esta era, la aldea oculta de la hoja es ahora una cuidad ninja solo en nombre ya que ahora muchas personas normales han venido a vivir aquí. También el estilo de vida de los ninjas ha cambiado...
Boruto, el hijo del séptimo Hokage y el actual lider de la aldea, se ha matriculado en la academia ninja para aprender todo sobre lo que necesita saber en las artes ninjas. Los estudiantes que rodean a Boruto se refieren a él como "el hijo del Hokage", pero Boruto con su peculiar personalidad se hará un nombre por él mismo.
Boruto encontrá nuevos amigos y aliados, pero ¿cómo podrá lidear con todos esos misteriorsos incidentes que se le presentarán? Es así como comienza la historia de Boruto Uzumaki.
Suguru, un despreocupado niño de 14 años es huérfano y vive solo en una mansión, por lo tanto su casa es un lo más parecido a un estercolero, por eso mismo decide contratar una asistenta para volver a vivir en en una pulcritd decente, ella será Mahoro, un antiguo androide de combate de Vesper, que por voluntad propia se hizo criada, ya que la propia empresa que le creo decidió darle voluntad a hacer lo que quiera porque tras 12 años de existencia si continuaba luchando tendría 50 días de vida, mientras que si se dedicaba a otra cosa tendría aproximadamente 1 año de vida. Junto a los amigos de Suguru, su profesora, Mahoro, Slash (guardian protector de Mahoro) tendrán peripecias de lo mas insólitas, hasta que aparezca un miembro de Saint buscando venganza...
Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.
