La película es un retrato de la vida rural japonesa en los años cincuenta. Un profesor universitario se muda junto a sus dos hijas a una casa cerca de un bosque mientras su mujer se recupera de tuberculosis en un sanatorio rural. Sus hijas descubren la existencia de los "conejillos de polvo", de este modo aprenden que hay seres que no todos pueden ver, como los espíritus del bosque, solamente aquellos de corazón puro. Mei, de cuatro años de edad, resulta fascinada al encontrar dos pequeños espíritus y se determina a encontrar al rey del bosque, Totoro.
Un mundo, para siempre más allá de sus expectativas. En un estrecho, oscuro mundo subterráneo de túneles y pozos sin fin, la gente usa trajes de protección y viven sus vidas duras y sin embargo feliz modestos. La princesa de la comunidad underground, patema, va a explorar, como siempre, inspirado en la curiosidad de las profundidades desconocidas del mundo. Su lugar favorito es la "zona de peligro", un área prohibida por la "regla" de la comunidad. A pesar de ser castigado con frecuencia por su Jii cuidador, que no puede contener su curiosidad por la razón detrás de la regla, porque nadie le diría cuál era el "peligro". Cuando se acerca el "secreto" oculto, la historia comienza.
La historia se centra en Hotaru, una chica que se pierde en un bosque en el que se dice habitan muchos fantasmas. Ante ella se le aparece Gin, un joven muchacho que le embelesa con una primera mirada pero al cual ella no se atreve ni a tocar por miedo a que desaparezca.
La historia abarca 13 años y comienza presentándonos a Hana, una universitaria de 19 años que se enamora de un ookami (un espíritu lobo). Ambos se casan y se convierten en los orgullosos padres de dos niños-lobo: la mayor llamada Yuki (nieve) y el menor llamado Ame (lluvia), nombres otorgados por el clima del día de sus respectivos nacimientos. La familia vive feliz a las afueras de la ciudad ocultando la verdadera naturaleza de padre e hijos, pero cuando el cabeza de la familia muere, Hana decide mudarse a un pueblecito alejado de la ciudad.
Honda Toru es una estudiante que después de la muerte de su madre decide vivir sola en una tienda de campaña en el bosque, propiedad de la familia Soma. Una noche es encontrada por Yuki Soma, el "príncipe" de su escuela, este y su primo Shigure le piden que viva con ellos.
Dentro de la casa conoce a Kyo, otro integrante de la familia Soma y la terrible maldición que pesa sobre ellos que consiste que al ser abrazados por el sexo opuesto se transforman en animales del zodiaco chino (a excepción de Kyo que es el gato).
Tsukiko, acaba de matricularse en una escuela que hasta hace poco era solo para chicos. Puesto que la escuela que ubica convenientemente en un entorno rural y el nivel es bastante alto, se ha convertido en una escuela exclusiva, siendo la única chica que ha logrado acceder. En Starry Sky, los doce atributos de los signos del Zodiaco son personificados por jóvenes.
La historia gira en torno a Haruka Nanase, un muchacho al que siempre le ha gustado estár en el agua y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a sus compañeros del club de natación: Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras conseguir la victoria, cada uno de los chicos siguió su propio camino. El tiempo ha pasado, y en mitad del instituto, Rin aparece y reta a Haruka a una carrera, demostrando a este lo bueno que es. Haruka no quiere que eso acabe así, así que reúne de nuevo a Makoto y a Nagisa, así como a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki, para formar el club de natación del Instituto Iwatobi. Haruka, Makoto Nagisa, Rei y Rin vivirán juntos una historia de natación, juventud y amistad.
