La historia de acción y combates de ciencia ficción está protagonizada por los Hundred, las únicas armas que pueden enfrentarse a las misteriosas formas de vida llamadas Savage que atacan la Tierra. para convertirse en un Maestro de las Artes Militares entrenado en el uso de los Hundred, el protagonista, Hayato Kisaragi, se une a la ciudad-barco academia Little Garden. Allí se encuentra con una chica llamada Emil Crossford que afirma que estaba deseando verle y con quien compartirá cuarto, además de que parece que le conoce de alguna parte. Por si no tenía suficiente, recibe un reto de la “Reina”, la más poderosa estudiante, Claire Harvey.
En un mundo en el que existen duelos entre híbridos de seres humanos y distintos animales, el estudiante universitario Nomoto Yuya se ve envuelto en una terrible situación: unos conocidos le obligan a acompañarlos a secuestrar a una chica. Sin embargo, la joven es una híbrido de Ratel, un animal de lo más feroz, y no duda en defenderse y matarlos a todos, menos al pobre Yuya. De este modo, los dos forjarán una extraña amistad y Hitomi se quedará al lado de Yuya para protegerlo.
La historia se centra alrededor de las llamadas "Auto Memory Dolls"; muñecas inicialmente creadas por un científico para asistir a su esposa ciega a escribir sus novelas y, luego, rentarlas a personas que necesitan de sus servicios. Mientras que la función inicial de las Auto Memory Dolls es solo generar las voces a texto, un segundo grupo de personas creó una compañía que renta hermosas y talentosas mujeres quienes, teniendo las mismas funciones que una Auto Memory Doll original, también pueden realizar tareas relacionadas con la milicia o el ejército.
A muchos kilómetros de profundidad, bajo la ciudad de Tokyo, existe un desconocido y vasto submundo llamado "Tokyo Subterráneo". Ahí existen personas conocidas como "Usuarios Elementales"; gente que tiene la capacidad de manipular elementos como el fuego, el agua, la electricidad, etc. Las protagonistas Chelsea Rorec y Ruri Sarasa escapan y son perseguidas por los miembros de una organización llamada "La Compañía". En la superficie se encontraran con Asagi Rumina y con Ginnosuke Isuzu, dos alumnos de preparatoria, cuyas vidas se volverán una aventura en la que no faltarán las batallas entre individuos capaces de dominar los elementos.
La historia toma lugar en la Academia Shiomi, una vasta y prestigiosa academia con una Daitoshokan (“gran biblioteca” en japonés) que rivaliza con la biblioteca nacional de Japón. Como miembro del Club de la Biblioteca, Kyoutarou Kakei va a Daitoshokan para disfrutar leyendo. Allí entonces conoce a Tsugumi Shirasaki de segundo año, a través de los esfuerzos de un tal llamado “pastor” que cumple los deseos de la gente. Eventualmente, más chicas se unen al club gracias al llamado “pastor”.
La historia cuenta la battle royale de 12 guerreros con los nombres de los animales del zodiaco chino que deberán luchar unos contra otros jugándose la vida y el honor para conseguir un deseo.
Cuenta la historia de “Mob”, un chico con poderes psíquicos que explota si su capacidad emocional alcanza el 100%. Recibió el apodo de “Mob” porque no destaca entre la gente, y trata de reprimir sus poderes para poder llevar una vida normal.
