A finales de la era Edo, un demonio conocido como el Rey Impuro mató a miles de personas. Tras vencer al demonio, los Caballeros de la Verdadera Cruz mantuvieron su ojo izquierdo sellado a salvo en la Academia, pero ahora ha sido robado. Al escuchar que el ladrón ha tomado por rehén a un niño, Yukio y Rin parten a ayudar. La investigación y la persecución llevará a Rin y a sus amigos hasta Kyoto, donde se verán involucrados en una oscura trama.
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
Ginko, el personaje principal, es un experto en Mushi. Él es un maestro de Mushi, que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi. Ginko toma generalmente, a modo de pago, objetos relacionados con los casos de Mushi que ha resuelto. Estos objetos son luego vendidos a coleccionistas. La historia se desenvuelve entre la era Edo, la era del aislamiento y del Japón feudal. Pero Ginko tiene una ropa diferente a la de todos los personajes en la serie, mucho más moderna.
Guinko ,el personaje principal, es una de esas personas que conoce a los Mushi ,que no son ni plantas ni animales; son distintos a otras formas de vida como los microorganismos y hongos. Por su efímera naturaleza, su existencia y apariencia son desconocidas para la mayoría excepto para un número limitado de humanos que poseen la habilidad de verlos e interactuar con ellos. El es un amo de Mushi (Mushi master, ??, mushi-shi), que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi.
La historia comienza con Takaya Ougi, el típico chico de High School que no desea nada más que proteger a su mejor amigo y vivir una vida normal. Un día como cualquier otro Yutsuru se pelea con unos jóvenes y ambos, tanto Takaya como Yutsuru, ven a una joven arrodillada en el suelo, prenderse en llamas. Luego de este más que extraño incidente entra en escena Nobutsuna Naoe, un hombre viejo que le informa a Takaya que él es de hecho la reencarnación del señor Kagetora.
Naoe, despierta las capacidades de Takaya contra los malvados y lucha en el mundo terrenal de Fuedal. Mientras que la mayoría de los poseedores recuerdan sus vidas anteriores antes de ser reencarnados, Takaya no. Naoe agradece por esto, en vista de su pasado apasionado y abusivo con su señor Kagetora. Mientras Takaya mejora sus capacidades, él también comienza a recordar que hizo Naoe debido a su amor por él. Mientras tanto las fuerzas oscuras de los clanes de Hojo y de Fuma comienzan su ataque mientras que el mundo terrenal de Fuedal desciende sobre el mundo vivo.
La historia gira en torno a Izumi Sena, un chico nacido en una familia de ultra-profesionales del entretenimiento. Sin embargo, él es el único de la familia que no trabaja en la industria del entretenimiento y es un universitario muy otaku. Aspira a convertirse en mangaka, pero acaba protagonizando un anuncio de televisión. Al final se cruza en su camino el famoso actor Ryuma, quien se da cuenta de su atracción por Izumi.
Akira Nikaido es un típico estudiante de instituto que piensa que tiene una vida normal, hasta que un misterioso hombre llamado Shirogane aparece y le pide encontrarse con él en la escuela al anochecer. Él es escéptico, pero va de todas maneras… en ese momento es atacado por una sombra monstruo! Shirogane le convence de que el equilibrio entre el mundo humano y el mundo en la sombra ha sido distorsionado, y que él debe convertirse en un shin (una criatura del mundo de la sombra, con el fin de ayudar a restablecer el equilibrio).
