La Secundaria Kawakami es un instituto famoso por su anecdótica dedicación a los ancestros samuráis. Distinguidos y valorados por un espíritu de lucha que es un factor fundamental para el éxito dentro de la escuela. Yamato Nanoe es el protagonista de la historia que asiste a la Secundaria Kawakami rodeado de bellas mujeres Bushi (guerreros japoneses) que dominan diferentes técnicas del Bushido como honestidad, coraje, benevolencia, respeto y rectitud. Todos forman parte de un grupo llamado "Kazoku Kazama" ya que se conocen desde que eran jóvenes y han pasado muchos momentos juntos. Con mezclas de harem, escenas de combates, toneladas de Ecchi y Soft hace de la historia una química sin igual.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Wataru Sajo, que está profundamente enamorado de su bella compañera de clase Aika Natsukawa, se acerca a ella sin desanimarse mientras sueña con su amor mutuo. Sin embargo, un día se despertó pensando: “No soy realmente apto para estar junto a alguien tan bueno como ella, eh…” Al darse cuenta de esto, Wataru comenzó a mantener una distancia adecuada con ella, para sorpresa de Aika. “¿Será que ahora me odia…?” ¡¿Se le escaparon sus intenciones porque se estaba impacientando tras llegar a una conclusión equivocada?! Este es el comienzo de una comedia romántica que gira en torno a dos personas que no consiguen transmitir sus sentimientos y ambos piensan que su amor no es correspondido.
Las personas no nacen igual. El protagonista de esta historia es uno de esos casos raros que nacen sin superpoderes, pero esto no le impedirá perseguir su sueño: ser un gran héroe como el legendario All-Might. Para convertirse en el héroe que quiere ser, se apuntará a una de las academias de héroes más prestigiosas del país: Yueiko. Con la ayuda de su ídolo, All-Might, ¿podrá convertirse en un verdadero héroe?
Fuyuzora Kogarashi tiene habilidades espirituales, y ha sido poseído por fantasmas desde que era un niño. Esto ha causado un montón de problemas en su vida, pero ahora ha aprendido a luchar contra los malos espíritus. Por desgracia, él ahora es muy pobre, no tiene hogar ni la esperanza de una vida feliz, más normal e ir a la escuela secundaria. En su búsqueda de una vivienda, encuentra un casa de huéspedes muy barata llamada Yuragi-sou, que anteriormente era un lugar popular de aguas termales. Es tan barato el alquiler porque allí habita un espíritu de un estudiante de secundaria cuyo cadáver fue encontrado allí. Kogarashi no cree que esto vaya a ser un problema para él, ya que el resto de sus inquilinos son mujeres atractivas. Mientras se relaja en las aguas termales, encuentra un problema; El fantasma de Yuragi-sou es una chica de 16 años llamada Yuuna, que vive en su habitación. Kogarashi no tiene ningún deseo de hacerle daño a una chica fantasma, y en su lugar termina por aceptar ayudarla a poder pasar a la otra vida antes de caer en el mal e ir al infierno. Una vez que está bien con Yuuna, los otros inquilinos revelan sus propios secretos sobrenaturales, y así su vida en Yuragi-sou va a ser lejos de ser algo normal.
