Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Baki Hanma, es un luchador joven que se muere de ganas por seguir los pasos de su padre, Yujiro Hanma, y convertirse en el luchador más fuerte del mundo. A través de esto, él se entrena incansablemente y lucha constantemente para afilar sus habilidades y desarrollar su cuerpo para alcanzar estos objetivos. Muchas batallas intensas le deparan a Baki; como él va buscando ser el mejor para, en última instancia, tomar el título de "Rey" de su padre; Baki Hanma, hijo del grappler más fuerte del mundo, trata de reclamar el trono de su padre. Para conseguirlo, él tiene que luchar mucho, y hacer muchos amigos y enemigos en el proceso.
Baki Hamma es actualmente el campeón de las peleas underground, donde la única es regla es "no utilizar armas, todo lo demás está permitido". Solo los mejores y más selectos peleadores tienen la oportunidad de participar. Esta vez, quien gane el campeonato ganara el cinturón legendario que está valorado en 7 millones de dolares, si bien es un gran premio, lo que los peleadores realmente quieren es ganar para ser conocido como el hombre más fuerte del mundo. Sin olvidar que el propósito de Baki es, ser el más fuerte para derrotar a su padre (Yujiro Hamma) quien asesino a su madre frente a sus ojos. En el torneo hay peleadores de todos los estilos, lo cual hace que sea un campeonato muy interesante.
Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.
Después de la Tercera Guerra Mundial, el planeta se volvió un lugar desolado, y el agua se convirtió en el recurso más apetecido por las personas alrededor del mundo. Ya no es la inteligencia ni la habilidad es lo que reina en este mundo, sino que la fuerza, específicamente, la fuerza bruta. Es por eso que son los más fuertes los que dominan el mundo. Esto cambiará cuando El Puño de la Estrella Del Norte llegue a esas tierras, este personaje, descendiente de la más fuerte Arte Marcial nunca conocida, se encarga de ayudar a los pobladores a conseguir una vida más digna.
