Cuenta la historia de amor de Kotoko Aihara y Naoki Irie, desde sus duros días de estudiantes de instituto hasta después de su matrimonio. La historia comienza cuando el padre de Kotoko al fin termina de construir una casa que resultó ser inestable, puesto que se derrumbó finalmente, a la vez que Kotoko daba una carta de amor al chico que le gusta, Naoki, pero obtuvo un rechazo en el pasillo del instituto frente a sus compañeros. Después de la humillación del momento, ella decide olvidarse de él. Entonces es cuando la casa de los Aihara se derrumba, y en la miseria son acogidos por un amigo del padre de Kotoko. Cuando llegan a la casa Kotoko se da cuenta que el amigo de su padre realmente es el padre de Naoki y vivirán juntos bajo el mismo techo.

Para evitar la destrucción de la Tierra amenazada por un asteroide, la ISDA (International Solarsystem Development Agency) encuentra un huevo de Dragon bajo el oceano, lo cual es utilisado para dar comienso al "proyecto D" y crea al "Dragonaut" Sin embargo, descubren que los asteroides no son su única amenza, sino unas criaturas poderosas cuando un dragón aparecen en la Tierra. Abiendo perdido a su familia en un terrible accidente Jin Kamishina siendo el unico sobreviviente se convierte en un piloto de uno de los mas poderosos "Dragonaut" Toa una chica misteriosa es el objetivo de la ISDA sin embargo es protegina por Jin Kamishida. Cuanto más profundo se vayan adentrando en el misterio de los dragones, se encontrarán con nuevos amigos y enemigos, y también comenzarán a desarrollar una relación más cercana

Un grupo de alquimistas consigue ser inmortales gracias a un elixir que se les es otorgado por un demonio. Debido a sus confrontaciones y ambicia de poder, se ven obligados a separarse unos de otros a través del mundo. Pero siglos después vuelven a encontrarse ellos, más otros personajes que se hacen importantes a lo largo de la historia. El relato transcurre mientras el vicepresidente del Daily Days recuerda con Carol "los acontecimientos de 1930". La historia cuenta lo que sucede entre 1930 y 1932 aunque se centra en relatar el múltiple asalto al tren Flying Pussyfoot en 1931 desde muchos puntos de vista distintos, uno por cada grupo de pasajeros.