Yuiga Naruyuki está en su último año de preparatoria, y para poder conseguir la "recomendación VIP" que le garantizaría una beca completa para la universidad, el joven deberá ser tutor de unas compañeras que tienen problemas para entrar en la universidad que quieren. Lo que Yuiga no esperaba es que sus pupilas fueran las dos genios de la escuela: la hermosa Fumino Furuharashi, "la Bella Durmiente Literaria", y Rizu Ogata, "la Pulgarcita Mecánica". ¿Cómo pueden necesitar su ayuda dos genios así?
La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados.
El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.
Yato es un dios menor cuyo sueño es tener una gran cantidad de seguidores que lo adoren y recen plegarias por él. Desafortunadamente, su sueño está lejos de hacerse realidad, ya que no tiene ni siquiera un solo santuario dedicado a él. Para empeorar las cosas, la única socia que tenía para ayudar a resolver los problemas de la gente acaba de renunciar. Su divina suerte sólo podría cambiar cuando se tropieza con Iki Hiyori, quien le salva la vida. Este hecho deja a Hiyori en un buen lío también, por lo que se quedará a su lado hasta que su problema se resuelva. Junto a Hiyori y su nuevo socio Yukine, Yato hará todo lo que pueda para ganar fama, reconocimiento y sólo tal vez, una capilla dedicada a él también.
Kuroki Tomoko es una chica de secundaria muy popular, ademas ha tenido 50 años de experiencia en citas con alrededor de 100 chicos... bueno, eso solo en un mundo virtual llamado Otome. En la vida real, ella es una chica de 15 años que tiene todas las cualidades de una "mojo" (una mujer sombria o impopular). Sin embargo, cuando la escuela no está saliendo como ella esperaba, y no es tan popular como ella pensaba que era, se echa un vistazo a sí misma en el espejo por primera vez en unos cuantos años y tiene algunas revelaciones impactantes...
Itsuka Shidou es un estudiante de instituto que, durante las vacaciones, vive en primera persona un suceso sin igual. Ante él aparece una chica con armadura, que destruye la ciudad que tiene delante. La chica responde ante el nombre de Tooka, y según la hermana de Shidou, es un espíritu (?seirei?, 精霊), los cuales causaron un terremoto espacio-temporal 30 años atrás. La hermana de Shidou revela que su verdadera identidad es la de la líder de la organización Ratatosk y le cuenta a Shidou que la única manera que tienen de salvar el mundo es hacer que Tooka se acabe enamorando de él y tengan una cita.
La comedia romántica de instituto gira en torno a un estudiante de secundario llamado Sorata Kanda, el cual vive en el Sakurasou, el dormitorio para chicos problemáticos del instituto. Un día, Mashiro Shiina, una chica monísima que encima es una brillante artista, se muda a vivir a dicho dormitorio. Sorata decide que debe proteger a la aparentemente frágil Mashiro de la gentuza del Sakurasou, y resulta que no se equivoca: Mashiro no tiene ni idea de cómo cuidar de sí misma. Se pierde cuando sale a la calle, no sabe doblarse la ropa y tiene la habitación hecho un desastre. Al final los muchachos del Sakurasou consideran a Sorata como el ?dueño? de Mashiro, y habrán de vivir en el dormitorio bajo la idea de que todos les vean como ?dueño y mascota?.
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