Un día aparecen unas misteriosas criaturas voladoras llamadas Zai y destrozan todas las fuerzas aéreas de la humanidad. Para enfrentarlas, la humanidad modifica unas naves ya existentes para crear soldados mecanizados especiales llamados "Daughters", y que pilotan unos mecanismos autónomos llamados "Anima" con aspecto de chicas humanas. Narutani Kei es un chico que aspira a recuperar los cielos y un día se encuentra con una nave roja y su piloto, una Anima llamada Gripen que es el as mejor guardado de la humanidad.

Mahiru, la amiga de la infancia de Itsuki, le estaba confesando un secreto enorme cuando son transportados a otro mundo. Una vez allí, descubrirán una realidad totalmente sorprendente. Ambos han sido elegidos como Visitantes para salvar el mundo de Granvania, donde cada uno tiene una misión muy especial. Ella es una de las 12 doncellas celestiales, mientras que él... debe practicar el sexo con ellas para engendrar hijos de las estrellas que limpien el mundo de las impurezas que amenazan con destruirlo.

La historia comienza cuando un chico de la aldea llamado Kautz comienza a trabajar en una peculiar tienda de armaduras que solo ofrece ciertos tipos de equipamiento para mujeres aventureras.

En la Francia del siglo XV, durante la Guerra de los Cien Años contra Inglaterra, Montmorency, el hijo de un noble, se sumerge en el estudio de la magia y la alquimia en una escuela para caballeros. Sin embargo, tras la derrota de Francia en Agincourt, la escuela cierra y el joven se ve obligado a escapar. En su huida conoce a una chica llamada Jeanne, que vive en una aldea y tiene un aura milagrosa.