Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/Stay Night, donde el Santo Grial fue alejado de ciudad Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas. Dos bandos se enfrentarán la “Facción Negra”, con miembros de Yggdramillennia y la “Facción Roja", con miembros de la Asociación de Magos y un miembro de la Iglesia.

La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

Hinata Shouyou, al ver un partido de voleibol, pretende convertirse en "El pequeño gigante", y se une a la escuela media de voleibol del club. Después de encontrar nuevos miembros, se establece para el torneo de la escuela secundaria, donde se cruzan con una escuela superior, con el "Rey del juego superior", Kageyama Tobio .Aunque su equipo perdió, Shouyou sigue decidido a seguir adelante y vengarse de Kageyama. Al entrar en la escuela secundaria, recibió la sorpresa más grande - que Kageyama se encuentran en la misma escuela y el club!

En el Mundo de los Muertos, los altos cargos portan armas llamadas "Guadañas Mortales". Éstas se consiguen cuando el alma de una Guadaña (creada por un Técnico especialista) consigue comerse 99 almas humano-demonio y 1 alma de bruja. Pero la vida no siempre es fácil, ni para Técnicos ni para Guadañas, y puede costar trabajo llegar a ser una "Guadaña Mortal". Soul y Maka son los protagonistas de este anime (Soul el arma y Maka el técnico) junto con Black Star y su arma Tsubaki, y Death the Kid con las hermanas Thompson como armas (pistolas).

El honesto y leal Kamiyama ha ido a parar al conflictivo Instituto Cromartie, donde todo el mundo es un delincuente. Como es de esperar, pasará a ser el jefe de su clase, debido a la lógica invertida de que sólo un conejito realmente duro se atrevería tranquilamente a estar entre una manada de leones. Así empieza una historia que parodia cada uno de los tópicos del anime de "tipos duros" hasta límites insospechados. Ah, y Freddie Mercury también sale.