Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.

2019: sobre las ruinas de Tokio se alza la metrópolis de Neo-Tokio, una ciudad opresiva e inhumana donde la violencia, el terrorismo y la droga son problemas cotidianos. Las sectas religiosas y los grupos extremistas, aprovechándose de la insatisfacción de los ciudadanos, cultivan el mito de AKIRA, un "niño cobaya" depositario de la "energía absoluta" cuya resurrección significaría para Japón el amanecer de una nueva era. El gobierno experimenta sobre niños con poderes psíquicos para represar la ciudad. Mientras la historia se centra en dos motociclistas callejeros, Kaneda y Tetsuo, muy buenos amigos que, cuando Tetsuo sufre un choque contra un niño psíquico en una pelea de bandas, obtiene poderes que poco a poco se incrementan, provocándole alucinaciones y poderes paranormales increíbles. Mientras Tetsuo Libera caos en la ciudad y descontrol total para demostrar sus poderes creyéndose un Dios, Kaneda lo intenta detener antes que sea su fin, o del mismo Neo-Tokio.