Occultic;Nine se centra más, como su propio nombre indica, en el mundo de lo oculto y lo paranormal, contándonos las historias de nueve personas a lo largo y ancho del mundo que experimentan este tipo de sucesos.

La Academia Mihama, en la superficie, es un cerrado ambiente de aprendizaje establecido para nutrir a estudiantes que se encuentran en conflicto con el mundo que los rodea; en la actualidad, es una “huerta” y prisión construida para preservar el fruto que ha caído lejos de su árbol. Sea cuáles sean las circunstancias detrás de su establecimiento, la Academia Mihama es el actual hogar para cinco estudiantes femeninas, todas con sus propias razones para su matrícula. Para bien o para mal, cada chica ha desarrollado una rutina predeterminada por su situación; la vida se mueve lentamente, pero a un apropiado ritmo dentro de las paredes de Mihama. Con la llegada del primer estudiante varón a la academia, el casi absurdamente inexpresivo Kazami Yuuji, las estudiantes de Mihama comienzan a perder el ritmo de sus rutinas. ¿Probará Yuuji ser el elemento que las chicas necesitaban para hacerse cargo de sus vidas una vez más, o será el peso de sus pasados una pendiente muy empinada para superar?

La humanidad es obligada a vivir bajo la superficie pasando asi muchos siglos, llegando a olvidarse y convirtiendo en una leyenda la vida en la superficie. Asi se crean pequeñas colonias excavando por distintos lugares y tratando de escapar de los terribles terremotos. En una de esas colonias vive Simon, uno de los mejores excavadores, que en unos de los agujeros encuentra una extraña llave en forma de torno. Si bien todos se mofan de Simon por ser muy raro y de poca autoestima, el único que lo respalda siempre es Kamina quien lo invita a ir hacia la superficie. Por supuesto el Jefe de la colonia prohibe esta acción que se supone que es tabú para la gente y encierra a Kamina. En una excavación nocturna, Simon encuentra esta vez un mecha en forma de cara y corre hacia Kamina para mostrárselo, pero de repente un enorme robot con forma de cara cae desde la superficie y al igual una misteriosa chica que lo ataca con su rifle. Simon, Kamina y la chica (Yoko) tratan de escapar y Simon los conduce a su descubrimiento, ahi le dice a Kamina que lo maneje para derrotar al robot sin embargo, Kamina le responde que esa mecha le pertenece y por lo tanto él debería manejarlo... entre idas y vueltas los 3 entran en la cabeza y ante un impulso de Kamina junto con la ayuda de Yoko, Simon logra de algún modo derrotar a la enorme cara; no solo eso sino que son explusado hacia la superficie...Alli Simon y Kamina descubre un maraviloso mundo para ellos pero también se encuentra con la sorpresa de que en la superficie un grupo de Ganmen (Mechas con forma de cara) que atacan a los humanos que suben a la superficie