La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.

La historia toma lugar en Tokyo en el año 2018, donde los humanos normales y aquellos que pueden usar magia coexisten. Como resultado, hay leyes en contra del uso de la magia, y las "Cortes Mágicas" existen para presidir demandas relacionadas con la utilización de la misma. En esos casos, "Benmashi" o los "Magos Abogados" (Wizard Barristers) defienden a aquellos que utilizan magia. El anime sigue a Cecil, la Benmashi más joven de esta historia, y sus asociados en la defensa de los clientes en estos casos.

Situada después de Nisemonogatari, esta temporada cuenta con 5 historias -contadas en 6 libros-, cada una dedicada a cada amiga de Araragi: Hanekawa enfrentará a sus propios miedos personificados por una entidad que parece tener el poder y la determinación de destruir su vida entera. Araragi y Shinobu viajarán en el tiempo para intentar salvar a Mayoi de la muerte, pero se encontrarán con un gran y drástico cambio debido a su ausencia. El mundo ha sido destruido y el Kaii Killer habrá sumido todo en la destrucción total. Nadeko se entera que Araragi tiene novia. Su furia la llevará a involucrarse por sí misma con un dios para vengarse y reprimir sus sentimientos a la fuerza. Araragi estará en peligro de muerte y Hitagi está dispuesta a hacer lo que sea para salvar su vida. Mayoi es perseguida por un extraño ser conocido como Kuroyami, Shinobu nos narra la historia de cuando pretendió ser un dios y de cómo creó a su primer sirviente hace 400 años. Kanbaru, quien creía estar totalmente alejada del incidente del brazo de demonio, es arrastrada a un problema mucho más grande: Akuma-san está recolectando todas las partes de aquel demonio y debe ser detenido antes de que sea demasiado tarde. Historias con giros y desarrollos increíbles serán narrados en la segunda parte de esta serie, al final de la cual sólo quedará la pregunta: ¿habrán sido todas estas desgracias una mera coincidencia, una tras otra?