Yato es un dios menor cuyo sueño es tener una gran cantidad de seguidores que lo adoren y recen plegarias por él. Desafortunadamente, su sueño está lejos de hacerse realidad, ya que no tiene ni siquiera un solo santuario dedicado a él. Para empeorar las cosas, la única socia que tenía para ayudar a resolver los problemas de la gente acaba de renunciar. Su divina suerte sólo podría cambiar cuando se tropieza con Iki Hiyori, quien le salva la vida. Este hecho deja a Hiyori en un buen lío también, por lo que se quedará a su lado hasta que su problema se resuelva. Junto a Hiyori y su nuevo socio Yukine, Yato hará todo lo que pueda para ganar fama, reconocimiento y sólo tal vez, una capilla dedicada a él también.

Esta historia trata sobre tres jóvenes huérfanos lo cuales viven vidas totalmente diferentes y distantes, ellos al ver las noticias por casualidad se enteran de que el lugar donde se transmite esa información es la casa donde vivieron alguna vez cuando eran bebes; pueden saber esto ya que cada uno contiene una foto de su infancia. Kamishiro Mike, Miyafuji Mina y Onoreda Karen se dirigen hacia esa casa pero se encuentran con una sorpresa ya que en la foto solo hay dos bebés y ellos son tres. Quién de ellos está equivocado y no estaba en la foto cuando fué tomada. En lo que lo averiguan los tres tratarán de vivir en la casa de sus recuerdos intentando ser una familia pero jaja dos chicas y un chico viviendo solos en una casa....muchas cosas sucederán.

Kei Kusanagi, el protagonista de la historia, es un joven chico que vive en un pueblo de la montaña. Una noche, mientras está junto al lago, algo extraño ocurre, y ve a una guapa mujer aparecer delante suya. Más tarde, en clase, descubre que hay una nueva profesora en el instituto. Ya en su casa, ve que la profesora acaba de mudarse a la casa de al lado, y mientras la ayuda con la mudanza, descubre que es la mujer que vió la noche anterior. A partir de aquí comienza una gran historia, a ratos divertida a ratos más triste, en la cual se nos desarrolla la difícil relación entre un chico de instituto y una profesora (que además viene de otro planeta).