Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.

Existe un mundo después de la muerte, en donde las almas de las personas cuya vida fue injusta, tienen una segunda oportunidad de alcanzar la paz, y así volver a nacer. Pero la verdad es que nadie sabe muy bien como funciona este lugar donde no existen las enfermedades y no se puede morir (al menos de la forma que nosotros entendemos como muerte). Debido a la confusión se crean 2 bandos en conflicto: el Shinda Sekai Sensen (SSS), que lucha contra las intenciones de Dios por la vida injusta que les designó; y el bando formado por Tenshi (Ángel), cuyo único interés es que las demás personas se realicen y puedan renacer. En este mundo aparece nuestro protagonista, Otonashi, quien sin recuerdos de su vida anterior, se embarca en una aventura donde forja amistades profundas. Poco a poco recobra su memoria y ayuda a resolver los dilemas de las personas en este mundo.

Dos chicas de la misma edad y mismo nombre se conocieron en el tren para ir a Tokio. Sus nombres son NANA. Una de ellas es una chica que quiere ser famosa con su grupo de música y la otra quiere estar con su novio que vive en Tokio. Después de conocerse ellas deciden vivir juntas en Tokio. Komatsu Nana comienza su nueva vida en Tokio con su novio Shoji, y los amigos de allí, Junko y Kyosuke. Por otro lado, Osaki Nana se prepara para su debut como vocalista de un grupo de punk rock llamado...

Wataru Yoshizumi (mangaka conocida por sus mangas Marmalade Boy, Mint no Bokura, Kimishika no Iranai, ...) está de enhorabuena al ver adaptado al anime otro de sus mangas, en este caso, Ultramaniac. Ayu es una estudiante de secundaria, guapa y buena en tenis. Su amiga Nina es una inexperta brujita que con un ordenador hace “magias” que a veces no surten el efecto deseado... Ayu está enamorada de Kaji, un guapo chico del instituto. Éste siempre está en compañía de su amigo Tsiuji. Estos cuatro adolescentes forman el elenco principal del shoujo en el que poco a poco se irán incorporando más personajes.