Akihabara: el barrio abierto de mente donde todo el mundo es bienvenido. Incluso si te sientes solo, aquí encontrarás a alguien que pueda comprenderte, pues es un lugar donde todo es posible, donde puedes desnudar tu alma. Pero la popular Akiba también será escenario del ataque de los Bagurimono y en pleno caos un chico conocerá a cierta chica.
Hideki Nishimura es un joven que se confesó a quien creía que era una chica en Internet, pero resultó ser un chico. Este hecho le marcó y lo guarda como un angustioso recuerdo que no cuenta a nadie por lo que juró no creer nunca más a nadie en Internet. Sin embargo, un día una joven de Internet se le confiesa a él, y resulta ser una hermosa muchacha llamada Ako Tamaki. Ako no sabe distinguir la realidad del mundo online, es bastante solitaria y tiene graves problemas de comunicación. Así pues, Hideki y sus amigos de la guild trabajarán juntos para ayudarla.
La historia se centra en las costas de Japón, específicamente en Maiami City donde los duelos de monstruos son una gran fiebre gracias a la Corporación León que está bajo el control de su presidente Akaba. Los niños quieren ser unos grandes duelistas, así que aprenden todo lo básico en diferentes colegios, incluyendo el Yusho Juku donde están Yuya y Yuzu y la escuela más grande, el Leo Duel School (LDS). Pero un dia, Yuya terminará enfrentándose en un duelo de exhibicion ante el actual campeón del mundo de duelos profesionales.
No hay nada más agradable en el mundo para Harumi Kazuhito que leer. Pasa sus días encerrado en los libros. Pero una noche, cuando estaba disfrutando de una buena historia en un café, un ladrón entra de forma violenta y pone en peligro a la gente que se encontraba adentro. Kazuhito no es del tipo heroico, pero algo se apoderó de él y trató de someter al ladrón sólo para ser asesinado. Cuando volvió en sí, él renació como un perro bajo el cuidado de uno de los clientes que se encontraban en el café esa noche, Natsuno Kirihime. A través de algún tipo de conexión, puede escuchar los pensamientos de Kirihime Kazuhito como un perro. Desafortunadamente para Kazuhito, Kirihime tiene una personalidad sádica y una afición a las tijeras.
Sendo Aichi, es un chico tímido en su tercer año de la escuela media. Había estado viviendo su vida mirando hacia atrás y no hacia delante, tratando de no llamar la atención. Sin embargo, había una cosa que lo mantuvo activo - el "Blade Blaster", una tarjeta de un juego de cartas que se le dio cuando era pequeño. Esa tarjeta es la razón por la que comienza a involucrarse en las luchas de la tarjeta, algo que cambia su vida drásticamente. El nombre del juego de cartas es "Vanguard". El juego tiene lugar en un planeta diferente llamado "Klay", y debido a un sistema de juego nunca antes vista, se convierte en popular en todo el mundo. Aichi, inmediatamente atraído por la vanguardia, se encuentra con amigos como Togura Misaki y Kamui Katsuragi, junto con otros rivales. A través de rivalidad amistosa con ellos, Aichi comienza a disfrutar de una vida plena. Aichi, sin embargo, tiene un objetivo: una vez más la batalla con un luchador de vanguardia por el nombre de Kai Tosihki. Kai Toshiki es un hijo de distante y fría-secundaria que tiene habilidades sobresalientes en el mundo de la vanguardia. Él es también la razón por Aichi comenzó a jugar el juego. Para él, Toshiki es la persona que le salvó de su vida aburrida y le presentó a la vanguardia. Con el fin de mejorar en la vanguardia, Aichi pone su alma en él todos los días. Él desea que algún día, él será capaz de batallar contra Toshiki y lo han reconocen su valía.
Howard Resort, es un hotel balneario que dibuja las costumbres del mundo entero con el señuelo de la posibilidad de ganar una fortuna. Su recurso es un casino. Uno de sus empleados es la bella Rio Rollins, siguiendo los pasos de su famosa madre. Para alcanzar su objetivo, ella trabaja para conseguir el legendario juego de tarjetas de Puerta. A la persona que junte las 13 Puertas le es concedido el título de empleado más valioso del Casino.
Weiß Survive R, como se titula momentáneamente a la segunda temporada, incorporara un equipo de cuatro chicas al ya existente dúo protagonista formado por Takeshi y Michi. Además esta nueva temporada incorporara nuevos equipos de cartas como Mahou Shoujo Lyrical Nanoha StrikerS Team.
Mil años después de los hechos sucedidos en la serie original vemos una nueva versión de la ciudad Domino ahora llamada Neo Domino City, ahora vemos a un nuevo tipo de duelos los Riding Duels que son duelos a altas velocidades sobre motos llamadas D-Wheels, pero sin dejar atras los emocionantes torneos vemos a un nuevo protagonista intentando llegar a Neo Domino City para encontrar su destino.
La historia trata de Jaden Yuki , quien hace su examen para entrar en la Academia de Duelos, donde se aprende a jugar el Duelo de Monstruos para llegar a convertirse en el Rey de los Juegos.La academia está dividida en tres cuartos: Obelisco Azul, Ra Amarillo y Slifer Rojo y el Cuarto Blanco(usado por los adeptos de Sartorius, el cual solo aparece en la 2da temporada). Al ir a su examen, Jaden se tropieza con un adulto Yugi Muto, quien le regala la carta, Kuriboh Alado. A pesar de llegar un poco retrasado, a Jaden se le permite hacer el examen de ingreso, tocándole como rival el Dr. Crowler, uno de los profesores de la academia de duelo, quien cuenta con un doctorado en duelos. A pesar de que Crowler parece llevar la ventaja desde el principio, Jaden logra vencerlo y así ingresar. A pesar de haber vencido a Crowler, Jaden es enviado a Slifer Red debido a sus malas calificaciones en el examen teorico.
