El Siglo Universal, con su historia de colonización y guerras, pasa a la posteridad, y el tiempo sigue su curso. La humanidad entra a una nueva era de paz y tranquilidad llamada el “Siglo Reguild”. Año 1014 R.C. La Torre Capital, un ascensor orbital que conecta la tierra y el espacio. Debido a su rol en suplir a la Tierra de energía mediante la transferencia de Baterías de Fotones desde el espacio, es adorado como un dios. Bellri Zenam, un cadete de la Guardia Capital formado para proteger la Torre, está participando en su primer ejercicio no simulado cuando es atacado por un poderoso y misterioso mobile suit “G-Self”. Él se las arregla para atrapar al G-Self mientras pilota un mobile suit de mantenimiento “Recten”. Sin embargo, al ver al piloto del G-Self, una joven pirata espacial llamada Aida Rayhunton, algo lo desconcierta, al igual que el G-Self que asegura nunca haber visto antes. ¿Por qué el G-Self acepta a Bellri como piloto? La misión de Aida es atacar a la Torre Capital. El destino de Bellri al ser escogido como el piloto del G-Self. La verdad que hará temblar al Siglo Reguild. Todo era el comienzo de la “Reconguista”.

Es el año 2314 d. C. Han pasado dos años desde la derrota a la despiadada A-LAWS, y el nuevo gobierno de la Federación de la esfera terrestre ha buscado la paz mediante el establecimiento de un mundo libre de armas. Sin embargo, una nave olvidada que fue enviada a Júpiter hace 130 años de alguna manera vuelve a la Tierra, aparentemente sin signos de vida a bordo, sin embargo trae consigo una nueva y peligrosa amenaza alienígena, las formas de vida de metal cambiaformas (ELS), que comienzan a asimilar la tecnología de la Tierra y sus habitantes. Ahora, con la humanidad en peligro de la destrucción total, Celestial hace su retorno a defender a la tierra en contra de la invasión de los ELS.

2312 A.D. Cuatro años han pasado desde la batalla final entre Celestial Beig y Fuerzas de la UN. La humanidad, después de haber establecido la Federación de Terrestre, constituye una fuerza de seguridad independiente. Pero la realidad es la opresión inhumana de la lucha contra el gobierno de poderes, las doctrinas y las ideologías. Setsuna F. Seiei, después de sobrevivir a la batalla hace cuatro años, ha decidido una vez más, luchar con su Gundam.

La historia tomará lugar en el año 2307 de nuestra época, En esta epoca, el petróleo es un bien escaso y la humanidad tiene que confiar principalmente en la energía solar. Este mundo está dividido en tres bloques politicos: La Unión de energía solar y naciones libres (ユニオン; basada en la OEA, Australia y Japón), La liga de reforma humana (人類革新連盟; basada en China, Rusia e India) y y la Unión avanzada Europea basada en la Unión Europea. Las constantes guerras por motivos religiosos, energéticos o colonizadores hace actuar a ?Celestial Being? (Ser Celestial), una ?organización paramilitar empeñada en erradicar la guerra? que pretende utilizar a los mobile suit Gundams para lograrlo. El protagonismo recae en Setsuna F. Seiei (刹那・F・セイエイ, Setsuna F. Seiei), el junto a otros 3 gundam meisters lucharan por un mundo que pueda vivir en paz, usando 3 gundams muy diferentes, la paz es el objetivo principal de Celestial Being