La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados. El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.

La historia gira en torno a Yuu y Haruka, dos amigas que han sido inseparables desde la secundaria, pero que se verán cruelmente separadas en el instituto. Para su mala fortuna, los asientos que les asignaron están en lados opuestos del salón de clase y, forzadas a pasar más tiempo con sus nuevos compañeros que las rodean, deciden compartir algo que haga que su relación siga siendo especial a pesar de las mesas y sillas que las separan, un beso.

Amano Yukiteru, un estudiante de 2º año de secundaria, es un chico solitario e introvertido que gasta todo su tiempo escribiendo un diario en su celular desde el punto de vista de un espectador. Su único amigo es un producto de su imaginacion, Deus Ex Machina, el Dios del Tiempo y el Espacio. Un día, este dios le da al diario de Yukiteru la habilidad de ver lo que sucedera en los siguientes 90 días en el futuro y enrola a Yukiteru en un torneo mortal donde debera luchar por su vida contra los poseedores de otros diarios similares.

Fairy Tail cuenta la historia de un joven mago llamado Natsu en la búsqueda de su maestro y padre adoptivo Igneel que resulta ser un dragón. Por ello se unió a Fairy Tail, un gremio de magos que es famoso por los destrozos y daños que provocan en diversas ciudades (lo cual no debería ser así). El mundo de Fairy Tail gira alrededor de los magos (los cuales poco tienen que ver con la idea general del mago común) que realizan encargos a cambio de dinero, similar a un cazarecompensas. Natsu conoce a Lucy, una guapa muchacha cuyo sueño era ingresar a un gremio de magos, específicamente, a Fairy Tail, lo cual consigue gracias a la ayuda de Natsu. De ahí en adelante, la historia sigue los movimientos de esta pareja de magos los cuales se ven envueltos en un sin número de aventuras antes de conseguir la meta final de encontrar a Igneel.